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关于新安医学是否能称“派”的问题，一直有争议，其关键是看你从“学派”的角度与“流派”的角度去认识，因为“学派”与“流派”概念是有所不同的。关于“学派”，《辞海》载言：“一门学问中由于学说师承不同而形成的派别。如紫阳学派、姚江学派等。”可见，学说与学派的关系是十分密切的，学说是构成学派的要素，是形成学派的基础。所谓“学说”，是指学术上自成系统的主张、见解、理论。一个学派必有其鲜明突出的学术观点，并且往往还引发不同派别的争鸣。如中医学史上的“伤寒学派”和“温病学派”之争；针灸学史上的“重针派”和“重灸派”之争等等。
“流派”的概念比“学派”的概念涉及的范围要广。《辞海》对“流派”的本议解释是：“河水的支流”。大的河流有主干，有支流，各自形成一个水系，由此可将“流派”抽象化引伸为政治上或学术上的一个系统。流派的产生是可以人为地整理归类划分的，而其划分的依据可以是多方面多层次的。诸如：地域、民族、学术特色、内容风格等方面。在我国医学史上，按照民族区域划分，就有中医、藏医、蒙医等不同的民族医学；按照地区划分，有新安医学、江浙医学、江西医学等不同的地区医学。
“新安医学”属广义的“流派”范畴，是根据地域因素划分出来的。新安医学流派系统是中医学发展历史长河中的一条支流。并且有其自身的“学派”和“流派”体系特征。正如安徽中医学院李洪涛教授所言：“作为地区医学，尽管有其前后相袭的源流历史，它还必须以特别突出之处有异于其他地区时，才具有专门研究的价值。否则就是一般通史中的医学部分，以此立名，毫无意义。在新安医学发展史上，既有学说观点为核心的不同学派，更有医学不同领域的特色流派，立足于“流派”的研究，能促使新安医学的发展走向全面、系统。立足于“学派”的研究，能促使新安医学的发展走向更深入、更科学。二者的研究是相辅相成，相得益彰的。
新安医学史上的“学派”
纵观新安医学发展史，有鲜明观点，可称之为“学派”的，目前研究整理的结果有以下两方面。
1.1 伤寒错简重订派
伤寒病在古代曾一度严重流行，张仲景的《伤寒论》一直为当时和后世医家所珍视。但要论及治《伤寒论》的派别，则首推明代歙县方有执的“错简重订”说，他认为：“愚自受读以来沈潜涵泳，反复细绎，窃怪简编条册，颠倒错乱殊甚。盖编始虽由于叔和，而源流已远，中间时异世殊，不无蠹残人弊，今非古是，物固然也。”（《伤寒论条辨·跋》）方氏错简重订说提出之后，和者竞起，程应旄、郑重光等均赞同其说，影响所及，还波及新安域外，并引起了研究《伤寒论》医家间的争鸣，逐渐形成了与之对峙的“维护旧论”派。不仅在新安医学史上，而且在中医学史上都占有相当重要的一席之地。
1.2 新安温补培元派
继金元时期刘河间、朱丹溪之学广为传播之后，在医学界产生了用药偏于苦寒，常致克伐脾胃、损伤元气的流弊。直到明代中叶，以江苏、浙江的南部和皖南等江南地区，崛起了以培元温补为学术见解的医学派别。祁门汪机是新安培元派形成的先驱者。他重视元气，认为：“况人于日用之间，不免劳则气耗，悲则气消，恐则气下，怒则气上，思则气结，喜则气缓，凡此数伤，皆伤气也。以有涯之气，而日犯此数伤，欲其不虚，难矣！”（《石山医案·营卫论》）并首倡营卫阴阳一气论，强调“补气即是补阴”的观点。奠定了培元派的理论基础。其再传弟子孙一奎，在其基础上，又首倡命门动气学说，使培元派的理论进入了更高层次，他认为命门元气为生生不息之根，三焦为元气之别使，故而重视三焦元气的保护。对后世影响深远，其门人弟子皆承其说，诸如：汪副护、孙泰来、孙朋来、余煌、汪文绮、吴楚、吴正伦等。
新安医学内容丰富，涉及中医理论、本草、方剂、临床各科等。根据文献记载，再按其学术思想特色及风格倾向，对新安医学的各医家医著进行全面的归类划分，概括起来，主要有以下几大流派特色。
2.1 经典派
偏重对《内经》等经典著作的考证、校点、阐释、发挥的一类流派。新安医学盛于明清，而明清时期考校成风，这对新安医家的影响颇大。尤其是新安地区儒医甚多，儒医更加重视对经典著作的诠注与阐发，因为他们精小学，通音训，因而对医学经典订正注释有较高的成就。如汪机的《内经补注》、《续素问钞》；吴昆的《素问注》；罗美的《内经博义》；胡澍的《素问校义》；徐春甫的《内经要旨》等多达23种。这类著作，有些由于受程、朱理学的影响，对运气学说及天人合一之理论多有阐发；有些则受到江允、戴震等朴学大师的影响，在文字考据、训诂方面多有建树。此外，代表人物还有江之兰、丁瓒、黄俅等，总之，新安医家对《内经》的研究是全面而深入的。
2.2 伤寒论
偏重对《伤寒论》的理论阐发及运用的一类流派。代表著作除方有执的《伤寒论条辨》外，还有汪文誉的《伤寒辟误三注真经》、程应旄的《伤寒论后条辨》、程林的《金匮要略直解》等46种。代表医家还有：汪机、余傅山、方广、郑重光、吴谦、程云鹏、汪纯粹、汪时泰、王少峰等，皆对《伤寒论》理论的应用阐发、普及有独到之处。
2.3 医方派
偏重方剂理论的阐发及运用的一类流派。新安医籍方剂学方面的专著，据新安医学研究所项长生统计就达62部之多。如吴昆的《医方考》，汪昂的《医方集解》、《汤头歌诀》等。而涉及方剂学内容的其他著作则更多。如程国彭《医学心悟》中的“医门八法”，吴澄《不居集》中的“托法”十三方等。在治法学、方剂分类及方剂的学科分化、方理探讨、新方创制、方剂学的普及等方面取得了卓越的成就。
2.4 本草派
新安医学家撰写本草专著有40部之多。其中陈嘉谟的《本草蒙荃》、汪昂的《本草备要》、方有执的《本草钞》、吴昆的《药纂》、罗周彦的《药性论》、汪宏的《神农本草经注解》等，均为有影响的著作。
2.5 针推派
王国瑞、吴昆、汪机、吴亦鼎、郑梅涧等对针灸均有造诣，他们著有《扁鹊神应针灸玉龙经》、《神灸经纶》、《针方六集》、《针灸问对》等。王国瑞幼从父学针术，并传于子孙，成为元明之际的针灸世家，其发展了按时选穴，所创立的“飞腾八法”理论在针灸学史上有很大影响。此外，郑梅涧善于用针灸治疗喉科疾患，颇具特色；吴亦鼎专攻灸法，所著灸法专著《神灸经纶》在我国尚属稀有。周于藩以按摩推拿术治疗小儿疾病，著有《小儿推拿秘诀》等。
2.6 临床特色专科派
新安医学中科属齐备，其科属专业的继承、发展，除了受师传影响外，主要是家族链传授的结果，这是新安医学很突出的特点之一。由于医家的医技和医疗经验由家族一代代流传下来，从而形成独具特色的医学专科。因为他们在同一个专科或领域经过了几代甚至几十代人的努力，因而在临床上积累了大量的经验。著名的有歙县王氏内科医学，歙县世医“张一贴”、歙县蜀口曹氏外科、歙县吴山铺程氏伤科、休宁西门桥儿科、休宁梅林妇科、歙县西园喉科等等。
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