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五脏六腑中医重视内脏的生理功能，并重视内脏病理变化的反映，还重视内脏之间和内脏与形体各组织的联系。根据内脏的性质和作用分为五个脏、六个腑，又把另外一部分称为奇恒之腑和传化之腑。
五脏是心、肝、脾、肺、肾，六腑是胆、胃、小肠、大肠、膀胱和三焦，五脏中还有心包络，为心的外卫，也有把它独立出来，与五脏并列，称为六脏，惟心包络的功能和病变总是与心脏相一致的。脏和腑俱为内脏，其区别是：五脏藏精气而不泻，六腑传化物而不藏。凡具有出纳转输、传化水谷功能的脏器，归属于腑；不直接传化水谷而具有贮藏精气功能的脏器，归属于脏。
1. 心
心生血，主藏神。为人体生命活动的主宰。心脏本身不健全，或受情志的刺激，或因病邪的侵犯，就会出现心悸、惊惕、失眠，或善忘、喜笑失常，或谵语、神志昏迷等症状。心脏有了病变，不仅本身无以自主，并能影响其他脏腑的活动，使之发生紊乱。
2. 肝
肝藏血，主谋虑。肝性刚强，故又有将军的称号，当受到精神刺激时，往往影响其正常功能而发生恼怒、头胀等症状，甚至火气上逆而发生吐血。肝又为女子的“先天”（即有生殖机能在内的意思），故调经、种子必须重视对肝脏的治疗。
3.脾
脾统血，主运化。维持生命的力量主要是营养，脾能消化水谷，把食物的精华运输到全身，故被称为“后天”之本。倘脾的运化能力不足，则食后作胀，因而引起肌肉消瘦，精神疲乏。脾又主运化水湿，水湿停滞的症状，如胸闷呕恶，大便泄泻，肌肤浮肿，大多由于脾弱所致，因此利湿常用健脾方法。
4.肺
肺主气，司清肃。肺气不降，最易引起咳嗽、气喘，在虚证的情况下，又常见少气、言语低怯无力。肺对于心脏所主的血液循行，有调节作用，古人为了形容两者间的密切关系，把心脏称作君主，肺脏称作相傅。
5.肾
肾藏精，主骨，主生殖。骨骼生长及生殖功能为肾所主。肾脏对于人的精力充沛起有积极作用，肾虚则脑转、耳鸣，目无所见，腰痛、胫酸，懈怠思卧等症均起。
6.胆
胆为清净之腑，主决断。
7.胃
胃为水谷之海，主受纳。胃与脾为表里，前人虽分胃司受纳，脾司消化，但胃的基本功能既能受纳，亦能消化，故脾胃往往相提并论。并认为不能受纳，也就谈不到消化，因而又说“纳谷者昌，绝谷者亡；有胃气则生，无胃气则死”，把胃的功能看得非常重要。
8.小肠
小肠为受盛之腑，主化物。小肠承受胃中腐熟的水谷，进一步分别清浊，使精华归于五脏贮藏，糟粕归于六腑排泄，并将糟粕中的水液归于膀胱，渣滓归于大肠。这些都是小肠化物的工作。
9.大肠
大肠为传导之腑，主排泄。大肠接受小肠糟粕，负责输送排泄，为整个消化过程的最后阶段。由于大肠的功能是传导糟粕，职司大便，故凡大便秘结，或泄泻，以及痢疾和便血，都从大肠着手，而有通导、润泽、固涩等不同的疗法。
10.膀胱
膀胱贮尿排尿，司气化。膀胱为水液聚汇之处，气化不利，则小便癃闭；气化不约，则遗溺、小便不禁。但膀胱的气化与肾有关系，肾气足则能化，肾气虚则不能化，故治小便不利或不禁，有时应用温肾之法。
11.三焦
三焦为通道，运行元气和水液，主行水。三焦由上焦、中焦、下焦三部分组成。它的主要作用为行气，疏通水道，例如治停水胀满，常以利气来帮助行水，所谓利气，多用疏畅三焦的药物。
每一个脏或每一个腑都有它的主要功能，并在相互协作中进行。故脏与脏之间有“相主”关系，如肾为心之主，心为肺之主，肺为肝之主，肝为脾之主。主是主持的意思，即相互制约，以维平衡的作用。脏与腑之间有“相合”关系，如肺合大肠，心合小肠，肝合胆，脾合胃，肾合膀胱。合是配合的意思，说明以脏为体，以腑为用，配合起来以完成二者的综合功能。脏为阴属里，腑为阳属表，因而这种配合也叫“表里”。
脏腑虽然处于体内，但与外在形体的各组织器官有密切联系，所以观察形体各组织和器官的表现，可以测知脏腑的情况，这在诊断上具有重要意义。内脏与形体各组织、器官的关系，在临证上比较常用的，如肝开窍于目，其充在筋，其华在爪；心开窍于舌，其充在脉，其华在面；脾开窍于口，其充在肉，其华在唇；肺开窍于鼻，其充在皮，其华在毛；肾开窍于耳，其充在骨，其华在发。
脏腑之外尚有奇恒之腑，即脑、髓、骨、脉、胆、女子胞。奇恒的意义是似脏非脏，似腑非腑，形虽似腑而作用似脏；是异乎寻常的一种内脏。它们在人体中也是极其重要的部分。这些奇恒之府并不是孤立的，和脏腑都有联系，比如脑和心、肝有关系，又因脑和髓有关，髓又和骨有关，骨属于肾，脑又和肾有关；女子胞即子宫属肝，由于行经，养胎等与血有关，故又和心、脾有关。
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