在日常的增值税纳税申报过程中，有些增值税一般纳税人（以下简称纳税人）和税务人员会经常遇到以下几个问题，现进行明确。
一、固定资产销售后的纳税申报
（一）纳税人销售自己使用过的2009年1月1日以后购进或者自制的固定资产，可根据购买方的要求，按照适用税率开具增值税专用发票或增值税普通发票，与其他货物或劳务一并申报纳税。
（二）纳税人销售自己使用过的2008年12月31日以前购进或者自制的固定资产，按照4%征收率开具普通发票，减半缴纳增值税。纳税人在申报纳税时，应在“增值税纳税申报表附列资料（表一）”中第10行的“4%征收率”栏次中按照普通发票上注明的固定资产的销售额和税额填列 “销售额”和“应纳税额”，减半缴纳的部分在“增值税纳税申报表”主表的第23栏“应纳税额减征额”中填列。
二、辅导期纳税人预缴税款后的纳税申报
（一）辅导期纳税人可能由于专用发票增量而预缴税款，在本期应纳税额合计小于本期预缴税款，也就是 “增值税纳税申报表”主表的第24栏数额小于第28栏数额的情况下，第34栏“本期应补（退）税额”出现负数是正常的运算结果，不是错误数据。
（二）辅导期纳税人按规定预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，也可抵减下期应纳税额。
（三）在辅导期结束后，纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税有余额的，主管税务机关应在纳税辅导期结束后的第一个月内，一次性退还纳税人。如果纳税人同意，可继续抵减以后各期应纳税额。
三、免税货物及劳务的纳税申报
（一）除国有粮食购销企业外，纳税人免税货物及劳务的销售额应在“增值税纳税申报表附列资料（表一）”中第16行或17行的相应栏次填列，销售额为不含税销售额。
（二）纳税人用于免税货物而购进的货物或劳务，如果取得了增值税专用发票，认证后必须在“增值税纳税申报表附列资料（表二）”中第14行将进项税额进行转出，否则将在“增值税纳税申报表”主表第20行中形成错误的“期末留抵税额”。
