酵素菌是由细菌、酵母菌和放线菌等23种有益微生物组成的多菌种复合微生物群体，能够产生活性很强的多种酶（如淀粉酶、蛋白酶、纤维素酶、氧化-还原酶等），具有很强的好气性发酵能力，能够迅速催化分解众多有机物质，使之在短期间内转化为易于被植物吸收利用的成分，在改变土壤的物理性状、提高土壤肥力、促进农作物高产优质方面具有显著的作用。特别是在分解转化某些含毒素有机物（如松木屑）方面，有着益于环保、化废为宝的特殊功效，因而其在现代农业技术更新工程中崭露头角。
酵素菌技术是近代发明于日本的一门高新技术，20世纪80年代后进入应用推广阶段，目前已在20多个国家和地区取得了巨大的经济和社会效益。我国自1994年引进示范，结果表明酵素菌的糖化能力和蛋白质分解的活性都很高，其中淀粉酶的含量为1500μg/g，蛋白酶在酸性条件下为22μg/g、中性条件下为55μg/g、碱性条件下为53μg/g。酵素菌自身即含有蛋白质、脂肪、纤维、糖等较高营养价值的物质，酵素菌催化分解有机物质可以产生类型丰富的维生素、核酸和促进生长的未知物质等多种营养物质，对植物的生长发育极为有效。由于酵素菌发酵过程中有益微生物的大量繁殖，还可抑制有害菌的生长，避免和减轻农作物病虫害的发生，解决重茬生产所造成的土壤危害，有利于无公害农作物的生产和有机生态农业的发展。
酵素菌用于堆制有机肥，可有效缩短堆制时间，并可有效提高堆制质量。夏季上堆后6至12米高，堆温即可升至50至60℃，可比不加酵素菌的自然堆肥提前3至5天进入高温发酵阶段。春、秋季上堆后2至4天，堆温升至50至60℃，比自然堆肥提前7至15天进入高温发酵阶段。在自然堆肥无法进行的冬季，通过采用保温措施和酵素菌增强发酵技术，可照样生效。
与自然堆肥方式相比，在水分、通气、酸碱度、C/N等堆肥腐化所需条件相同的情况下，采用酵素菌技术堆肥的高温发酵阶段持续时间长，腐熟过程要缩短1/2以上，且堆肥质量稳定、养分保存丰富、腐熟完全，病原菌虫卵和杂草种子数存留量低。
使用剂量为1吨堆料（菜籽饼、秸秆等）添加酵素菌3至5公斤。使用前先将堆料补足水分（手握成团，松掌散开），后均匀撒入菌剂、上堆，每3至4天翻堆一次，夏秋季20至30天即可充分发酵、腐熟。使用秸秆堆肥时，每吨堆料中需加入100至200公斤粪肥或5至10公斤尿素，以调节C/N比。采用酵素菌技术处理粪便，在含水量45至65%条件下沤制，使用剂量为每吨沤料添加1至2公斤酵素菌，使用时直接将菌剂加入，每天搅拌一次。夏秋季2至10天，即可腐熟，达到除臭、无害化的要求。
