该亚门下分丝孢菌纲和腔孢菌纲 2 纲， 约17000种。有些种是人类和动、植物的致病菌； 有些种能导致食品腐败以及原料、器材的腐蚀或变质；有些种的代谢产物可用于制取抗生素（如产生青霉素的青霉、产生头孢霉素的头孢霉等）、有机酸和酶制剂；有些种可用于有害昆虫和杂草的生物防除。同时，
半知菌也在生态系统中的物质和能量转化中起重要的作用。以往发现的半知菌中，有些种因为又相继发现了它们的有性阶段 ，而分别归属于子囊菌亚门（多数）和担子菌亚门（少数）中。
半知菌亚门（Deuteromycotina）生活史尚未完全了解的一大类真菌。
大多只发现其无性阶段，即其营养菌丝和各种无性孢子，而未见到有性生殖过程。一旦发现有性孢子，即归入相应的亚门。其原因一是有性阶段尚未发现；二是受某种环境条件的影响，几乎不能或极少进行有性生殖；三是有性生殖阶段已退化。因为只了解其生活史的一半，故统称为半知菌或不完全菌。营养体大多是有隔的分枝菌丝，有些种类形成假菌丝。其繁殖方式主要有两种：（1）生活史中仅有菌丝的生长和增殖，菌丝常形成菌核、菌索。不产生分生孢子。有的种类可形成厚垣孢子。腐生或寄生，是许多植物的病原菌，如
立枯病菌。（2）绝大多数的半知菌都产生分生孢子：在半知菌的有隔菌丝体上形成分化程度不同的分生孢子梗，梗上形成分生孢子。分生孢子梗丛生或散生。丛生的分生孢子梗可形成束丝和分生孢子座。束丝是一束排列紧密的直立孢子梗，于顶端或侧面产生分生孢子，如
稻瘟病菌；分生孢子座由许多聚成垫状的短梗组成，顶端产生分生孢子，如束梗孢属。较高级的半知菌，在分生孢子产生时形成特化结构，由菌丝体形成盘状或球状的分生孢子盘或分生孢子器。分生孢子盘上有成排的短分生孢子梗，顶端产生分生孢子，如刺盘孢属；分生孢子器有孔口，其内形成分生孢子梗，顶端产生分生孢子。分生孢子盘（器）生于基质的表面或埋于基质、子座内，外观上呈黑色小点。
半知菌分类以应用方便为主，不以亲缘关系为依据，一般根据孢子梗和孢子的形态及产生方式分类。许多已发现有性世代的半知菌，均已分别归属，如青霉菌属、曲霉菌属及赤霉菌属已归入
子囊菌亚门，以下几属为仍属于半知菌亚门的重要代表。
