合作方式不同，则意味着合作开发行为的性质也不同。在以设立项目公司进行联营的情况下，项目公司的设立要受《公司法》调整，合作各方就是项目公司的股东，其权利义务要由公司章程来约束，合作各方投入的资金转化为项目公司资本，各方对外也不再承担连带责任，而是以项目公司资产为限对外承担有限责任。
项目投资是基于项目合作协议而实施的。合作各方依照该协议进行投资，并以组建法人型的项目公司或非法人的联营体的合作方式进行项目建设。
严格意义上的公司股权性投资是投资者向公司投入资本获得股权的行为。股权性投资一般有两种方式，一是投资者直接与公司及其股东进行交易，向公司投入资本获得公司股权，其结果是使公司的注册资本增加；另一种是投资者与公司的股东进行交易，从公司原有股东处受让股份（含换股交易），其结果并不增加公司的注册资本，只是股东构成及其治理结构发生了变化。因此，公司股权性投资的依据是股东出资协议或股权转让协议。
非法人型项目投资资本的所有权并不一定发生转移，其主要用于合作协议约定的特定项目的建设；而在股权性投资的情况下，所投的资本直接进入公司并形成公司的法人财产，其所有权由公司享有，用于公司的经营活动。
非法人型项目投资关系的主体均为投资方，由合作各方依据合作开发协议进行投资，资本可以是土地使用权、货币或者劳务，各投资方构成合作开发投资关系；而股权性投资的主体除了投资方外，还有目标公司或其原股东。在公司增资的情况下，股权性投资发生在投资者和公司之间；在股权转让的情况下，股权性投资发生在投资者与转让股权的股东之间。
在合作开发项目的建设过程中，合作方完全可以根据实际情况随时增加投资；但在股权性投资的情况下，股东只能以增加注册资本的方式且该增资行为要符合法定程序。正因为项目投资的特定性和临时性，因项目合作开发而设立的项目联营体一般没有长期的存续性，项目合作开发结束后，无论是项目公司还是合作协议都可能被解散或终止。但公司的股权性投资关系则具有稳定性，会随着公司的长期存在而稳定存续。
最后应当注意的是，从清理债权债务关系的角度出发，项目合作开发投资的资本收回相对容易，合作各方可以在合作目的无法实现的情况下，依照合作协议收回各自投入的资本；而对公司实施股权性投资后，则收回资本的行为则要慎之又慎。
由于投入公司的资本已经法定转化为公司的法人财产权，故股东不得擅自抽逃已注入公司的资本。若在公司注册验资后，原缴纳出资的股东未经合法程序（如合法减资等）的情况下，私自撤走原投入公司的注册资本，则构成抽逃出资的违法行为。这显然是股权性投资者应当高度注意和防范的法律风险。
