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澎湖祖师庙，位于澎湖马公镇铁线里七邻5号。据林豪《澎湖厅志》（卷二）载：澎湖祖师庙在厅治东三里许，祀清水祖师，以其能治病也。康熙年间建、乾隆二十九年（1764年）重修。
《澎湖厅志》又云：康熙间有僧自泉州清水岩到此，不言其名，为人治病有神效，不取药资，酬以钱米亦不受，去后里人思之，立庙祀。
澎湖乃泉州移民开台的第一站及中转站，安溪人移居澎湖始于明代。据清代光绪年间编修《安溪儒林林氏族谱》载：“林谦亭，任澎湖副将，迄今四百余年，传世十有六”。清水祖师作为安溪移民的保护神而分灵于澎湖建庙，每年农历正月初六日为祖师圣诞日，香火鼎盛。
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