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土地闲置费及契税滞纳金不得扣除
土地闲置费及契税滞纳金的相关规定如下：
(1)国家税务总局《关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函[2010]220号)第四条规定：“房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。”
(2)《土地增值税暂行条例》第六条和《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，对于企业因违约而承受的处罚性开支，如土地闲置费及契税滞纳金等，不属于按税法规定正常开支的成本费用和国家统一规定缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳税金的范畴，不能作为扣除的项目金额。因此，在计征土地增值税时，土地闲置费及契税滞纳金不能作为正常的成本费用支出予以扣除。
装修费用可计入房地产开发成本
房地产开发企业销售精装修房，其装修费用可以计入房地产开发成本。装修费用不包括房地产开发企业自行采购或委托装修公司购买的家用电器、家具所发生的支出，也不包括与房地产连接在一起、但可以拆除且拆除后无实质性损害的物品所发生的支出。
房地产开发企业销售精装修房时，如其销售收入包括销售家用电器、家具等取得的收入，应以总销售收入减去销售家用电器、家具等取得的收入作为房地产销售收入计算土地增值税。其中销售家用电器、家具等取得的收入按照购置时的含税销售额计算。
旧房转让可按发票金额每年加计5%计算扣除项目
财政部、国家税务总局《关于土地增值税若干问题的通知》(财税[2006]21号，以下简称财税[2006]21号)第二条第一款规定，“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《土地增值税暂行条例》第六条第(一)、(三)项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。
财税[2006]21号还规定，对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征收管理法》，实行核定征收。
土地增值税计税收入的确认
土地增值税计税收入在确认时需注意以下几点：
1.房地产开发企业与购买方未签订房地产销售合同，房地产开发企业收取的订金、定金、违约金和赔偿金，不得确认收入;房地产开发企业与购买方签订房地产销售合同后，房地产开发企业收取的订金、定金以及由于购买方违约而产生的违约金和赔偿金，确认为收入。
2.房地产开发企业折扣转让房地产的，按以下情形确认土地增值税计税收入：
(1)房地产销售合同和转让房地产发票所载折扣后的价款一致的，以此价款确认收入。
(2)房地产销售合同和转让房地产发票所载折扣后的价款不一致，已全额开具转让房地产发票的，按发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以房地产销售合同所载的转让房地产价款及其他收益确认收入。
3.房地产开发企业作为委托方以支付代销费、包销费等费用方式委托其他单位或个人作为受托方代销、包销房地产，委托方与受托方之间没有发生房地产产权转移的，房地产开发企业在确认收入时不得扣除相应的代销费、包销费等费用。
4.房地产开发企业在转让房地产时代收的税款，不确认为收入。
定金、诚意金、违约金的相关规定
关于定金、诚意金和违约金的相关规定如下：
1.房地产开发企业与购买方签订房地产销售合同后，收取的定金、诚意金等，应计入销售收入预征土地增值税。在清算土地增值税时，购买方在签订合同前因撤销购买意向而向销售方支付的违约金，不计入销售收入，不征收土地增值税。
2.企业支付的各种滞纳金、罚款和违约金等，其性质是企业正常营业活动以外发生的支出。因此在会计处理上应计入营业外支出，企业发生上述支出时，借记“营业外支出”,贷记“银行存款”等科目。《土地增值税暂行条例实施细则》规定：开发土地和新建房及配套设施的费用(即房地产开发费用)，是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。根据会计制度对违约金作为营业外支出处理的办法和土地增值税政策规定，违约金不属于土地增值税扣除项目。
3.房地产开发公司因购房者在履行购房合同时违约而收取的违约金和更名费，实际构成了房屋销售价值，并在房屋转让时取得了收入。《土地增值税暂行条例实施细则》第五条规定，条例第二条所称的收入，包括转让房地产的全部价款及有关的经济收益。因此，该违约金和更名费应并入其房屋转让收入计征土地增值税。
清算完毕后剩余房产销售应缴纳土地增值税
根据国家税务总局《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号，以下简称国税发[2006]187号)第八条的规定：在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算时的总建筑面积。
清算时未售部分预征的税款不得扣除。未售部分在销售时按上述方法计算其成本、费用。未售部分销售时已预征的税款在计算土地增值税时予以扣除。
清算后退房款在办理清算手续前可抵退土地增值税
房地产开发项目或分期项目清算后，房地产开发企业退还属于办理清算手续前收取的房款，应抵退土地增值税。
1.退还属于办理清算手续前收取的房款，不调减清算总建筑面积的，应根据所对应的房地产类型调减土地增值税计税收入，计算和抵退多缴的土地增值税。
2.退还属于办理清算手续前收取的房款，调减清算总建筑面积的，应根据所对应的房地产类型分别调减土地增值税计税收入和按单位建筑面积成本费用计算的扣除项目金额，计算和抵退多缴的土地增值税。
扣除项目金额须在接到通知书90日内支付
符合国税发[2006]187号第二条清算条件的，原则上以满足应清算条件之日起或者接到主管税务机关清算通知书之日起90日内，为计算扣除项目金额支付的截止时间。对于在上述期限内有关扣除项目仍未支付完毕的，房地产开发企业可向主管税务机关递交申请报告，经清算小组合议确定后可延长扣除项目金额支付的截止时间，但不得以此影响清算审核进度，清算审核结束前仍未支付的，不予扣除。
购买未竣工房地产进行后续开发可加计扣除
对纳税人整体购买未竣工的房地产开发项目，然后投入资金继续建设，完成后再转让的允许加计扣除，其扣除项目如下：
1.取得未竣工房地产所支付的价款和按国家统一规定交纳的有关费用;
2.改良开发未竣工房地产的成本;
3.房地产开发费用;
4.转让房地产环节缴纳的有关税金，包括营业税金及附加、地方教育附加;
5.取得未竣工房地产所支付的价款和改良开发未竣工房地产成本两项之和加计百分之二十扣除。
合并、分立发生的房地产权转移土地增值视情况而定
两个或两个以上的房地产开发企业，依据法律规定、合同约定，合并改建为一个企业，合并后的企业承受原合并各方的房地产，不征收原合并各方房地产的土地增值税。合并后的企业在转让房地产时，按照合并前原企业实际支付的土地价款和发生的开发成本、开发费用，按规定计入扣除项目计算征收土地增值税。
房地产开发企业依照法律规定、合同约定分设为两个或两个以上的企业，对派生方、新设方承受原企业房地产的，不征收土地增值税。派生方、新设方转让房地产时，按照分立前原企业实际支付的土地价款和发生的开发成本、开发费用，按规定计入扣除项目计算征收土地增值税。
股东将持有的企业股权转让，企业土地、房屋权属不发生转移，不征收土地增值税。
土地增值税清算时需要合法有效的凭证
土地增值税清算时，需要合法有效的凭证，相关凭证主要有：
1.房地产开发企业以转让的形式取得土地使用权并支付相应的土地价款的，应取得相应的发票。
2.房地产开发企业支付被拆迁单位拆迁补偿费，应按规定取得被拆迁单位提供的合法有效凭证。
3.房地产开发企业支付自然人拆迁补偿费的，应按规定取得对方个人签名或者盖章的收款收据，也可以开列有个人签名或盖章的支付清单。
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