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阿斯利康:DDPCR技术与非小细胞肺癌的液态活检及前景

 jasiminee 2015-11-26



以血液为主的液态活检面对的核心问题之一是血液中肿瘤相关cfDNA的检测结果能否作为肿瘤组织的客观反映,两者的吻合度如何? 虽然肿瘤的组织样品对于突变位点的分析是合适的,但也存在一些瓶颈:并非所有的肿瘤都能通过手术获得病灶;即使能够获得组织样品,其DNA的含量与质量也常常会影响分子检测的结果;最大的难点在于肿瘤组织的异质性。异质性又可以分为空间上的和时间上的,前者的异质性存在于病灶的不同部位或者原发灶与转移灶之间,后者的异质性存在于肿瘤发展与治疗的不同阶段。


以血液内cfDNA为检测对象的液态活检就能很好的解决上述难点:样品的收集是无创或微创的;可以随时采样,做到病灶相关biomarker的实时掌握,解决了肿瘤时间维度上的异质性;血液内的cfDNA能综合地反映肿瘤整体情况,排除空间上的异质性。


虽然液态活检的概念很好,但也有先天的限制:cfDNA高度的片段化,其长度最长一般不超过180bp;突变的DNA占总的cfDNA比例超低,现有检测手段的灵敏度往往不够,之前一些研究的结果表明与组织活检相比,液态活检的灵敏度在43%~66%之间。


文章以86个临床上确认的晚期NSCLC病人(没有接受过TKIs治疗)进行对照研究,检测位点是EGFR的L858R和Exon 19缺失。其中组织样品采用经过CFDA认证的ARMS试剂盒进行检测,血液样品中cfDNA采用微滴式数字PCR(ddPCR)检测,ddPCR的实验设计方案如下图。


首先作者采用E19-Dels和L858R的阳性细胞系作为对照测试了ddPCR体系的灵敏度。上述2个ddPCR体系的检测灵敏度都可达到0.04%(1:2500)



86个病人组织活检和血液中cfDNA的检测如下图。对于E19-Dels,液态活检相比于组织活检灵敏度为81.82%,特异性为98.44%,一致性为94.19%;对于L858R,液态活检相比于组织活检灵敏度为80.00%,特异性为95.77%,一致性为93.02%。由于采用了灵敏度更高的ddPCR技术,把液态活检的灵敏度提高到了大于80%的水平。至此,文章回答了开头的核心问题:在ddPCR技术平台和合理的assay设计及优化条件下,液态活检的结果和组织活检结果具有良好的一致性。



接着文章对血液和组织检测结果不一致的样品进行了分析。其中液态活检相比组织活检多发现了4个阳性病人,其中1人为E19-Dels阳性,突变含量为0.29%,3人为L858R阳性,突变含量分别为0.29%,0.80%和1.61%,分别为下图中的样品3、4、7和11。造成不一致的原因有可能是在组织活检中,由于肿瘤组织的异质性导致了漏检。


同时液态活检相比组织活检在6个突变阳性病人中没有检出突变,作者分析的原因有二:这6个病人血液中本身cfDNA含量非常低,每个反应中的GEs为204-954,即使存在突变位点其含量也远低于assay的检测灵敏度;其中5名病人在采血前都接受了一段时间的化疗,而化疗会降低对应突变在血浆中的含量。(Frank Chen)



信息来源:BioPharm


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