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香菇菌丝生长的适宜条件是温度为22℃～26℃，空气湿度为60％～65％，通风良好，黑暗或弱光。
接种后1～6天，是菌丝萌发和定植期，由于菌丝生长微弱，菌袋温度比室温低1℃―3℃，为给菌丝提供适宜温度，要将室温调为28℃～29℃，每天要测定室温、堆温和袋温，其中以袋温为主调节室温和堆温。此时不宜移动菌袋，以防杂菌感染。3天内不通风或少量通风。
接种后7～10天，菌丝向料内蔓延，袋温逐渐升高，将室温控制为25℃～27℃。过7天开始翻堆，以后每7～10天翻堆1次。在翻堆时，逐袋检查菌丝生长情况及杂菌感染情况。发现漏接种的菌袋或没有发菌的接种穴，应将其集中到其他地方，挖除霉点，并用5％～10％的石灰水涂抹患处，培养室每天通风1～2 次，每次约30分钟。
接种后11～20天，菌丝进入旺盛生长期，各种代谢活动加快，袋温高出室温1℃～5℃，要特别注意降温和通风。将室温控制为20℃～24℃，每天通风1～2小时。
接种后20天，因菌丝大量生长，袋内氧气不能满足菌丝生长要求，缺氧成为菌丝生长的限制因素，应及时脱去外袋，并用刺孔的方法增加氧气，促进菌丝快速生长。第一次刺孔的时间在菌丝圈直径为8～10厘米时进行。用消过毒的牙签在菌丝圈前沿刺6～10个孔，孔深不能触及料层。当接种穴之间的菌丝相连时，用消过毒的毛衣针进行第二次刺孔增氧。当菌丝发满袋时，用消过毒的毛衣针在菌袋周身刺孔，刺孔的数目及深度，视温度及菌丝生长情况而定。温度高时多刺孔、深刺孔，反之少刺孔、浅刺孔。刺孔后，菌丝加速生长，菌袋温度会猝然升高。此时要加大通风量，采取昼夜全天通风，并疏散菌袋，防止烧堆。经30～50天，菌丝长满菌袋，可进行菌筒转色和生理成熟管理。
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