MMF主要的不良反应有:
1.胃肠道反应：较轻微，主要有恶心、呕吐、腹泻、便秘及消化不良，偶可发生严重不良反应如胆囊炎、出血性胃炎、肠穿孔、胰腺炎及肠梗阻。
2.骨髓抑制：发生率7~35%。包括贫血、白细胞减少及血小板减少，其中以贫血和白细胞减少最常见。
3.肿瘤：接受MMF治疗的患者可发生非黑素瘤性皮肤肿瘤，且易发生淋巴瘤和淋巴增殖性疾病。
4.感染：MMF可引起机会性感染。最常见的是巨细胞病毒感染，其次为HSV感染、带状疱疹及念珠菌感染。
服用麦考酚酸(MPA)的患者应当在第一个月内每周第二、三个月内每两周进行完整的血细胞计数检查，然后在第一年内每月进行完整的血细胞计数检查。如果发现中性粒细胞减少症(中性粒细胞绝对计数＜1.5×103/ml)恶化，则需要暂停或停用麦考酚钠。
在服用吗替麦考酚酯(MMF)同时选择其他免疫抑制联合治疗的患者中有发生单纯红细胞再生障碍性贫血(RPCA)的报告。
应告诫患者，在接受麦考酚酸(MPA)治疗期间疫苗的作用会减弱并且应该避免使用减毒活疫苗。接种流感疫苗可能是有益的。
