揭秘芯片——Agilent数据标准化 原创 2016-03-22 by Wu 欧易生物 欧易生物 oebiotech 关注欧易生物官方公众号，了解生物技术服务动态，更多优惠抢先知晓。 上次介绍了Agilent芯片的原始数据之后，可能细心的客户又会提问了，在欧易生物的报告中，紧接在原始数据之后的还有一个文件“2 标准化数据”，这个文件夹又是个什么东东？ 有些客户可能想了，我在拿到原始数据之后，这个数据里面又包含了每个样本每个基因的表达量，那么是不是可以直接用来比较差异？但是这里面有几个问题：
基于这两个原因，我们需要对数据进行标准化，而在基因表达研究中，一般我们假设在同一批次的样本中，基因的信号分布范围大概一致，对于Agilent芯片，一般利用Quantile方法对数据进行标准化。（关于Quantile方法的介绍见下回分解） 标准化前后的数据分布如下图，图上每列对应一个样本，从下图看，每个样本的数据分布趋势不一致，如果直接进行比较，那么得到的基因很多都是差异基因，而这样的结果不是我们所期望的。 标准化后的数据分布： 从上图可以看到，经过标准化后的结果，每个样本的数据分布大致都是呈现一致分布。经过标准化后的数据，就可以进行下一步的差异筛选了。 To be continued Agilent芯片首选服务商：欧易生物——近六年内唯一获得认证的官方服务商！ 阅读 |
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