本地绘制热图

微笑如酒 2017-05-05

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本地绘制热图

原创 2017-05-05 兰生信人

生信人

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功能介绍共同学习生物信息学知识，共同探究生物奥秘。

绘制好看的热图（pheatmap）

pheatmap全称为pretty heamap；

pheatmap(mat, color = colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name =

'RdYlBu')))(100), kmeans_k = NA, breaks = NA, border_color = 'grey60',

cellwidth = NA, cellheight = NA, scale = 'none', cluster_rows = TRUE,

cluster_cols = TRUE, clustering_distance_rows = 'euclidean',

clustering_distance_cols = 'euclidean', clustering_method = 'complete',

clustering_callback = identity2, cutree_rows = NA, cutree_cols = NA,

treeheight_row = ifelse(cluster_rows, 50, 0),

treeheight_col = ifelse(cluster_cols, 50, 0), legend = TRUE,

legend_breaks = NA, legend_labels = NA, annotation_row = NA,

annotation_col = NA, annotation = NA, annotation_colors = NA,

annotation_legend = TRUE, drop_levels = TRUE, show_rownames = T,

show_colnames = T, main = NA, fontsize = 10, fontsize_row = fontsize,

fontsize_col = fontsize, display_numbers = F, number_format = '%.2f',

number_color = 'grey30', fontsize_number = 0.8 * fontsize,

gaps_row = NULL, gaps_col = NULL, labels_row = NULL,

labels_col = NULL, filename = NA, width = NA, height = NA,

silent = FALSE, ...)

参数较多，但是直接用默认参数就能产生比较好看的热图了；下面以例子的形式给出pheatmap的一些重要参数的用法：

#首先构建一个矩阵用于测试：

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)

test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3

test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2

test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4

colnames(test) = paste('Test', 1:10, sep = '')

rownames(test) = paste('Gene', 1:20, sep = '')

#test为20行10列的矩阵：

#采取默认参数直接出图

library(pheatmap)

pheatmap(test)

#默认参数下是对行列均进行聚类（可设置cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE不进行行列的聚类；如果进行聚类了，还可以通过设置treeheight_row=0, treeheight_col=0不显示dendrogram），矩阵没有进行标准化（标准化参数为scale，可选'none', 'row', 'column'），热图的每个小块之间以灰色隔开（参数border_color，如果不想要border可以设置为NA，当然也可以设置成其它颜色），legend显示在右上方（可设置legend = FALSE不显示legend）；热图的颜色可利用参数color调整；

#可自由设置legend的标签

pheatmap(test, cluster_row = FALSE, legend_breaks = -1:4, legend_labels = c('0',

'1e-4', '1e-3', '1e-2', '1e-1', '1'))

#在legend上的-1~4的位置显示'0', '1e-4', '1e-3', '1e-2', '1e-1', '1'

#可设置参数display_numbers将数值显示在热图的格子中，可通过number_format设置数值的格式，较常用的有'%.2f'（保留小数点后两位），'%.1e'（科学计数法显示，保留小数点后一位），number_color设置显示内容的颜色：

pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = '%.2f', number_color='purple') #'%.2f'表示保留小数点后两位

pheatmap(test, display_numbers = TRUE, number_format = '%.1e') #'%.1e'表示以科学计数法表示，保留小数点后一位

#还可以自己设定要显示的内容；

pheatmap(test, display_numbers = matrix(ifelse(test > 5, '*', ''), nrow(test)))

#pheatmap还提供了参数设置每个格子的大小

pheatmap(test, cellwidth = 15, cellheight = 12, main = 'Example heatmap', fontsize = 8, filename = 'test.pdf') #main可设置热图的标题，fontsize设置字体大小，filename可直接将热图存出，支持格式png, pdf, tiff, bmp, jpeg，并且可以通过width, height设置图片的大小；