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调控表达中相关的lncRNA，miRNA，TF应该如何去研究，今天在这分享一点思路。 1.lncRNA的研究思路 首先介绍lncRNA的研究思路，目前lncRNA的研究方法基本基于它的作用机制，那lncRNA的作用机制有哪些呢？
那从生物信息学的角度如果去切入呢？ 基因组位置分析 lncRNA的一大功能在于转录调节，其与编码基因的关系可分为上游，下游，或与编码基因正义链和反义链有部分重叠，所以我们可以利用lncRNA的基因组定位法去查询他的上下游及正反义链有哪些编码基因，从而推测其可能作用的靶基因。 共表达网络 除了基因组定位，我们也可以通过lncRNA和mRNA两者之间的表达丰度的相关性来推测lncRNA可能的功能。那怎样才能挑选出潜力lncRNA呢？有三招，第一招，看degree，其大小可以衡量lncRNA的核心程度。第二招，看P值，Q值及Fold change，通过差异结果进一步筛选目标lncRNA。最后一招，看相关的编码基因功能，从而推测lncRNA可能的功能。是不是很简单？
大家在做研究的时候也可以借鉴下面这篇文章，它就完美的体现了上面提到的三大招，作者首先筛选出来lncRNA-HEIH,再依次找到了与之相关的18个基因，图中绿色的基因是与肿瘤生长和耐药性相关，所以作者推测lncRNA-HEIH也与肿瘤生长和耐药性相关。
在分析过程中，常用的lncRNA数据库有NCBI，ENSEMBL，lncRNAdb，NONCODE，lncRNADisease，Sanger Institute，ncRNA Expression Database 。比较常用和权威的就是NCBI，ENSEMBL，大家可以自己实践操作一下看看各数据库的功能和特点。
2.ceRNA研究思路 ceRNA,全称competing endogenous RNAs，竞争性內源RNA，其实是几类RNA的总称，泛指可以竞争结合microRNA的mRNA，假基因转录物和lncRNA，是一种全新的基因调控模式。涉及这么多不同种类的RNA，从何下手呢？ 毛主席有一句至理名言，啥，事物要抓主要矛盾啊。从ceRNA的定义中我们就可以看到枢纽在哪，在microRNA啊。思路有了没？我们先通过靶向预测数据库预测mRNA-microRNA，lncRNA-microRNA对应的靶向关系，再通过MREs数量和结合分值评判结合相同的microRNA的ceRNA的竞争能力，最后通过表达数据的计算来分析mRNA和lncRNA的调控关系。
下面这篇文章的思路和上面的很类似，大家有时间可以自己去研究一下。
3.microRNA的研究思路 microRNA的研究思路和lncRNA其实有相似之处，都是先通过高通量检测，再根据差异表达及靶基因功能来筛选，只是这里的对象换成了 microRNA而已。在这里就不多介绍了，想要更详细的可以戳视频。
下面重点介绍一下microRNA常用的数据库，miRBase是基本库，做芯片和小RNA测序都会选其作为注释库。miRTarBase数据库特别的是有得到靶基因验证的microRNA。下图中3-7数据库的功能基本是进行靶基因预测，最后的ceRDB主要是ceRNA的数据库，可在其寻找microRNA，lncRNA和mRNA三者之间的关系。
4.TF的研究思路 最后来聊聊转录因子。怎么把转录因子研究出新意呢？转录因子调控基因转录，那我们是不是可以把转录因子和mRNA，microRNA及lncRNA相结合呢？利用前馈环，我们可以很好的构建这四者的关系模型。通过预测或者计算我们可以将转录因子、mRNA，microRNA或lncRNA联成一个闭环的合路，如下图示例。
在下图中，mmu-miR-3069-3p靶向Sept6这个基因，它俩同时预测到Ahr这个转录因子，我们推测他们就存在这种前馈环的调节机制。
转录因子常用的数据库如下所示，第一个需要收费，其他免费，大家可以根据需要进行选择。
更详细的教程请戳视频。
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