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今天主要从以上3个方面来阐述要讲的内容。 对基因变异的解读，实际上就是患者表型与基因的linK, 对于解读人员来说，就是将Call到的一大堆的基因数据与患者的的临床表型很“恰当的”碰上link起来，问题来了，如何很“恰当的”使这两者link在一起呢？这就是我们今天要讲的这个ACMG解读标准要做的事情。 2015年，美国分子遗传协会（ACMG）协同全美分子病理协会（AMP）共同出台了临床数据解读与报告的标准指南（2015 ACMG-AMP 《解读报告标准指南》），这个标准将在很长一段时间内成为全美行业内的一个金标准。 第一部分 主要介绍下ACMG标准的“出炉”。 今年2月，中国遗传协会遗传咨询分会在苏州拟定了《ACMG遗传变异分类标准中文版专家共识指南》，旨在方便我国 医疗工作者和遗传咨询从业者 更好地理解ACMG遗传变异分类标准，中国遗传学会遗传咨询分会联合多位遗传咨询领域专家共同编译了《ACMG遗传变异分类标准中文版》，并已得到ACMG的官方授权，这里注明下《ACMG遗传变异分类标准中文版》下边统称《指南》。 经过了一系列遗传分子大师的翻译与修订，6月25号，中国遗传学会遗传咨询分会正式发布了中文版的《指南》。 这张片子是中国遗传协会遗传咨询分会官网上的中英对照版的标准内容。 这张图左边是美版的2015《指南》，右图为6月25号刚发布的中文版《指南》。 我们这里再来简单认识下ACMG，ACMG也即美国医学遗传学和基因组学会，由一些临床、生化、细胞组织、医学和分子遗传学家构成，还有一些是遗传咨询和致力于医学遗传学实践的卫生保健专业人员。这个组织 至今成立已有25年；主要职责就是维护遗传学、基因组学的行业相关规范，还包括临床上和一些实验室的操作指南的维护；教育方面（这里主要指医学遗传学家）；还有些具体的基因组的临床应用等。
第二部分：我将简单介绍下ACMG《指南》主要内容。
简而言之，该标准主要内容概括为，28个证据、5类判型；我们根据患者的一系列的表型进行证据分类（分为28种），并根据搜集的这些分类证据给出5种判型：已知致病突变、疑似致病突变、已知良性突变、疑似良性突变、临床意义未明。
第一类为极强的致病证据(PVS : very strong pathogenicity)，这一类只有一种，即功能缺失型变异，包括一些无义突变、框移突变、±1或±2的剪接突变、起始密码子突变、单个或多个外显子缺失的变异。
第二类为强的致病证据包括以上四种：这里我提前解释下，同一分类下的1.2.3.4没有优先级别的意义。
第三类为中等致病证据有以上六种。 第四类为支持的致病证据有以上四种。 第五类为极强的良性证据。 第六类为强的良性证据有以上四种。
第七类为支持的良性证据有以上七种。 根据搜集的上述28标准表型证据，我们将患者的变异给出以下的5种的判型： 已知致病突变(Pathogenic) 疑似致病突变（Likely pathogenic） 已知良性突变(Benign) 疑似良性突变(Likely benign) 临床意义未名(Uncertain significance) 第三部分我们通过intervar的应用更进一步来认识这个标准。 通过上一部分的介绍，大家应该已经对这个标准有了一些初步认识；但是一一去对这28个分类相对比较麻烦，这个时候，哥伦比亚大学的生信大牛王凯教授给我们送来了intervar，它有两个版本， web版， pathon版的。 这张就是web版的intervar 的主要界面。王凯教授开发这款 疾病变异分析解读工具 InterVar旨在帮助遗传病数据解读人员 更高效地应用2015版ACMG《指南》的 28条评估标准，能够对海量变异位点信息 实现半自动化分析，加快遗传病基因分析和诊断速度。
这张图是intervar的工作流程：根据病人的检测的基因变异信息 自动预测变异的致病性，变异位点信息输入，软件对变异初步判读分类，手动调整必要条件后，得到最终判读结果。 下面我们用一个案例来演示intervar的使用。 这是我们曾经分析的一例患者，只有9岁，3岁坐滑梯摔下，耳朵出血，颅内也出血，核磁检测没有太大问题；而患者哥哥小时候感冒发烧过多，经常打针，做过肌肉放松手术。最终医生给出患者的诊断 为肌无力，疑似SMA；而且MLPA检测SMN1和SMN2基因变异为阴性。 这张图是生信分析完的位点信息，我们从中筛选出了ASAH1基因。 然后将基因变异信息输入intervar的界面；大家看到的这个界面，输入变异位点信息可以有3种形式，分别为基因组上的位置信息， dbSNP ID或者是 HGNC上基因变异的信息。 这里我们输入ASAH1的变异信息（这里我想说下，intervar暂时只支持参考基因组为Hg19版本的数据信息），然后提交查询内容。 点击VUS下方的内容转入下个界面
这里得到了这样一个结果，然后手动调节蓝色字部分，对应之前用绿色字体标注过的内容；对，intervar目前是半自动化状态，还需手动输入，也可以理解，这部分与患者表型相关。
最终得到了这样的结果，ASAH1基因的变异判定为疑似致病，左上角这个部分为系统为我们搜集的致病证据。
这里补充下，目前只能上传hg19版本参考基因组数据，而hg38版本则需要转换；如果我们我们有dbSNP ID和HGNC的相关信息也可以直接录入。
经过sanger测序正确验证后，我们确定了call到的这个位点，确定了致病基因。
最后，再次和大家认识下标准里的一些建议： 临床上，基因检测一定是医生的辅助查找病因的手段，帮助医疗工作者做出个性化的治疗决策或用药选择的； 由于基因检测与解读相对复杂，检测特别需要相关医务工作者和临床试验室协作才能得到最佳的结果。
下节课将继续和大家分享学习癌症方面的解读报告标准的内容，将会从癌症的数据库、变异的分类、以及解读报告等几个方面来展开，癌症的解读会与今天所讲的孟德尔遗传病有什么不同呢？还请大家下次再次收听。
这次关于ACMG标准的解读学习内容到此结束，非常感谢。
现场问答 问题1：什么是复合杂合突变？ 答：复合杂合子：在两条同源染色体的相同基因座上有两个突变等位基因的杂合基因型称为复合杂合子 问题2： 如何实现hg19版本的基因组与hg38版本的转换 答：可以使用UCSC-tool-liftover工具进行转换，这里我要说的是转换前的格式一定要正确，生成bam格式呢需要用记事本打开即可。 问题3：癌症与一般单基因遗传病的分析策略的差别？ 答：癌症变异多数是体细胞变异， 和一般遗传疾病的变异检测不同， 癌症变异检测首先将癌组织和癌旁组织做对照分析， 找出只在癌组织出现的变异。遗传性的突变只分析一个简单的样本，它没有一个类似癌旁组织的对照，它会参考一些相关健康人群的基因频率数据库， 或者通过和家系中其他人做比较通过家系分析来找出可能的致病变异 |
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