1.circBase http://www./ 由德国马克斯·德尔布吕克分子医学中心的Rajewsky课题组开发,收集多个物种的circRNA信息包括人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼。 2.CIRCpedia http://www./rnomics/circpedia/ 杨力和陈玲玲研究组开发,是针对circRNA可变剪切和反向剪切的数据库。 3.deepBase http://rna./deepBase/ 该数据平台收集了约18000个small RNAs、36万个lncRNAs和大约10万多的circRNA基因(人、鼠、果蝇、线虫等),并构建了全面的ncRNA的表达网络。 4.CircNet http://circnet.mbc./ 是由台湾国立交通大学的研究人员对464个样本的RNA-seq数据系统地整理挖掘后建立的数据库,它提供了新circRNAs的鉴定;整合circRNA-miRNA-mRNA的互作网络;circRNA亚型的表达水平;circRNA亚型的基因组注释;circRNA亚型的序列。 5.circRNADb http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php 首个汇总编码蛋白人类环状RNA的数据库。以hsa_circ_07894为例,介绍了具体的单个环状RNA记录中详细的信息。每个记录包括了基本信息和具体信息两部分,基本信息一栏包含了所对应基因的ID号,基因组序列,链特征,基因名称,组织和细胞来源信息等。具体信息一栏包含了该环状RNA的外显子序列和信息,RNA剪接序列长度,环状RNA的序列信息,IRES和ORF对应信息,预测多肽的基本特征,对应的疾病信息及参考文献。 博士董还给大家分享了circRNA的4点新资讯:
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