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在对 TCGA数据挖掘如何入门？有一定的了解之后，在进行数据分析之前，第一步当然是TCGA数据的下载和整理，在前面几期数据挖掘专题中，我们着重并详细的描述了4种不同的TCGA数据下载方法： 1、官网： 一文读懂TCGA数据整理 【官网下载需要编程整理】 TCGA数据下载有陷阱？【官网下载推荐GDC Legacy Archive】 2、TCGAbiolinks： 3、Firehose： 4、Xena： 在介绍上示4种数据方法时，我们是以miRNA表达数据为例展开的，而实际对于其他例如mRNA、甲基化、SNP、临床信息等数据，都可以参照此过程进行，只不过在使用中需要对实际选项和参数进行调整。 对于这四种方法，官网和TCGAbiolinks可归为一类，因为都是可以下载TCGA数据库本身的数据，但是由于每个样本是一个独立的文件，故需要做整理，而Firehose则是对TCGA数据的初步整理，Xena则做了更进一步的数据处理工作，以下表为例，4种方法可得到的A1BG基因在COAD患者中的mRNA数据： TCGA官网/TCGAbiolinks下载的mRNA表达数据包含read_count值和RSEM值； Firehose下载的mRNA表达数据包含read_count值和RSEM值，与TCGA官网数据一致，值相同； Xena下载的mRNA表达数据只有log2（RSEM+1），无read_count值。 结合 TCGA临床数据下载，简单总结如下： 细节来说： 1、官网下载方式数据全面，且实时更新，但是点击操作及数据整理起来很麻烦； 2、TCGAbiolinks，基于官方API可下载最新数据，需要R基础，表达数据易得，但临床信息需进一步整理； 3、Firehose更新相对最慢，表达数据已经整理好，但是临床信息易用性不强； 4、Xena整理的最人性化，但是无read_count值，生存信息非最新，无用药数据； 建议： 1、Xena相对来说最易用； 2、如果你想用最新最全的数据，可以用TCGAbiolinks下载表达数据，如果有编程基础，临床数据还是自己整理吧！ 当然，可以下载TCGA的方法远不止上示4种，你可能会说cbioportal，但这个工具在小编看来，更适用于分析而不是数据下载，而其他多如牛毛的R包，例如TCGA2STAT、RTCGA、RTCGAToolbox...，也只不过是基于Firehose数据的引申版！ 当然无论用哪种方法，都没有绝对的最优，看你用哪个最顺手咯~ 下面是解答之前疑问时间： 1、更正一个 TCGABiolinks 中的脚本 library(stringr) # 更正前是 library(strings) 2、同时，在近期测试TCGAbiolinks下载mRNA数据的时候也发现了一些小陷阱，小编把代码粘上，以下载COAD患者的原始count数据为例，供大家参考： query = GDCquery(project = 'TCGA-COAD', legacy = TRUE, experimental.strategy = 'RNA-Seq', data.category = 'Gene expression', data.type = 'Gene expression quantification', platform = 'Illumina HiSeq', file.type = 'results') GDCdownload(query) dataAssy = GDCprepare(query, summarizedExperiment = F) dataAssy = dataAssy[grepl('^[A-Z|a-z]', rownames(dataAssy)),] rownames(dataAssy) = gsub('SLC35E2\\|728661', 'SLC35E2B', rownames(dataAssy)) rownames(dataAssy) = gsub('\\|.*', '', rownames(dataAssy), perl = T) countdata = dataAssy[,grepl('raw_count', colnames(dataAssy))] colnames(countdata) = str_match(colnames(countdata), '(TCGA-[^-]*-[^-]*-[^-]*)')[,2] countdataout = cbind(rownames(countdata), countdata) colnames(countdataout)[1] = 'Symbol' write.table(countdataout, paste(cancerpath, 'mRNA_readcount_data.txt', sep = '/'), row.names = F, sep = '\t', quote = F) 3、关于Xena下载临床信息，从这里下： |
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