TCGA数据库挖掘分析，这个网站好用到爆！

昵称45834002 2018-01-17

展开全文

关于数据库挖掘和分析，我们分别介绍过GEO和TCGA数据分析的多个工具了（如gene vesitigator，GEO2R，KM plotter，oncolnc，CRN等等），也准备了5分生信文章的还原（免费课堂：不想做实验，如何发一篇5分的文章？），依凡还专门录制了生物信息学数据库挖掘的系列课程，大家也可以单击文末原文链接直接购买学习和使用。

今天我们就来为大家介绍一个进行TCGA数据库数据挖掘的网站，简单易用。

UALCAN：http://ualcan.path./index.html

在主页右上角有一个Analysis选项，我们直接单击就可以打开下面的界面：

第一个功能：Scan by genes。可以直接查询多个基因在肿瘤里的表达和与预后的关系，比如我们输入10个基因：

然后单击Explore就可以打开新界面：

这里我们看到分析的链接有GEx profile和Survival Profile，说的分别是基因的表达情况和基因表达与预后的关系，而后面的HPRD，Genecards等是相关的数据库，我们先看第一个基因BMP4的GEx Profile：

大家看到左侧是肿瘤类型，右侧是分组类型，在上图中显示的红绿箱式图就是左侧的乳腺癌（Breast invasive carcinoma），分组标准是Major Cancer Stages，显示的就是BMP4基因在正常组和原发乳腺癌（Primary Tumor）组的差异和统计结果。

当然，我们可以选择其它肿瘤，比如肝癌（Liver hepatocellular carcinoma）：

也可以选择分组标准，比如分期（Individual cancer stages）：

再比如乳腺癌的亚型：

当然，我们还可以看到基因与患者预后的结果关系，通过一开始界面的survival profile：

或者Gex Profile界面的Visualize survial Plot都可以打开：

打开后的界面：

首先出现的是根据BMP4表达水平进行的生存曲线，我们可以直接下载为pdg格式用AI编辑，也可以继续单击next或者下面的页码（1,2,3,4,5）查看其它分类情况，比如表达和种族（Race）：

表达和肿瘤分型：

等等，同样可以下载使用。

下面，我们再看第二个功能：Scan by gene Classes。在这个界面：

我们看到有各种类型的gene class，有的是蛋白类型，比如激酶kinase，泛素连接酶，蛋白酶，磷酸酶，还有根据功能划分的，比如细胞周期，凋亡，转移，还有通路的，比如p53，Hedgehog通路等。

也就是说，我们可以直接查看这一类基因在TCGA中的数据情况，这里我们以P53通路为例，选好后直接单击explore，这是我们看到的结果：

左侧是基因名，中间是基因在不同肿瘤中的表达和预后结果，最后是数据库链接，最上面的search for genes还可以直接对这个表格里面的基因进行搜索。以第一个基因CDK2为例，我们看到LIHC肝癌这个选项的LIHC是红色，表示的是CDK2表达显著上调；边框也是红色，表示总生存期显著，我们单击看一下具体的结果：

最后，我们看基因链接到的各个数据库：

第一个是HPRD：human protein reference database

可以查看CDK2的互作蛋白：

以及修饰等：

第二个是Genecards：看我们公众号的同学肯定都知道这个数据库了，收录是关于基因的综合信息：

我们就不多说了，有困难看这篇文章：听说你开题缺素材……。

第三个是Targetscan，做miRNA研究的基本都听过这个工具，这里对应的是调控CDK2基因的miRNA：

第四个是Pubmed Cancer，大家看一下：

是直接链接进行这个基因CDK2与Cancer这个关键词的搜索结果，展示的是文章的情况。

第五个是Human protein atlas，同样我们也介绍过：（工具篇）S5E50：航母级神器——蛋白组学结果大收录！

网站我们就介绍好了，大家使用的时候记得引用开发者的文章：