不学R语言如何画热图？

上回说到梅超风师姐在本大侠的帮助下终于克服了分子功法入门第一关——分子克隆，成功构建了SLC12A1的过表达质粒。之后功夫一日千里，不仅成功转染了肿瘤细胞系，而且在3天内学会了逆转录与定量PCR，乐不可支的检测了12个基因，并画成12个柱状图去找黄老邪……哦老板。结果是一顿臭骂，被勒令三天内改成热图重新汇报。

梅师姐：师弟，这是我的Data，快教我怎么画成热图（图1）

                             

图1.梅师姐的Data，一共3组，每组4个重复

郭师弟：这个很简单，R语言里面调用pheatmap包，读入表格后3行命令就搞定了（图2）。这是指令。

图2. 在整理好Data的情况下如何用R做热图

梅师姐：R语言是什么鬼……这些字符串又是什么鬼，老娘35了也就将就着用用graphpad，让我学编程有没有人性！弄个简单点的！整好了今晚王品牛排。

郭师弟：好吧看在师（wang pin）姐（niu pai）的面子上，我就把压箱底的秘籍告诉你——热图绘制软件HemI 1.0（主页http://hemi.）。

 

HemI 1.0全称为HeatmapIllustrator，是我大天朝中科院开发的傻瓜式热图绘制软件，因为操作简单、完全免费深受广大研究生喜爱，该软件还发表了一篇plos one用来宣传自己（http://journals./plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0111988），大家用这个作图记得引用一下。打开主页扑面而来的就是一张高（sao）大（ji）上（ji）的热图，这就是软件的主界面，简单友好；点击DOWNLOAD按钮可进入下载页面，兼容windows、linux与苹果系统的版本都有；DOCUMENTATION中有软件的视频帮助（图3）；此外网站还十分贴心的提供了中文版操作手册（http://hemi./download/HemI_Manual_Chn.pdf），适合外语不好的小伙伴。

图3.HemI的网站主页

软件装好后，就可以直接处理数据了。对于定量PCR数据，做热图前通常要进行Log2均一化处理，这个在Excel中通过公式很容易实现，不会的小伙伴去找度娘。之后点击菜单栏红框中的Flie，选择load加载文件，即弹出Data Loader对话框。这时候全选数字部分，并告诉软件x与y中取第一行作为标题行（紫框）。点击Finish按钮，就可生成热图（图4）。

图4.如何利用HemI读入文件

这时候可以看到刚生成的热图花花绿绿的（图5.左），一点都不符合我们投稿时稳重大气的图片要求，这就需要我们对颜色进行一些修改。对于这个问题就不在此展开详细说明，大家可以参考高分杂志的颜色，或百度关键词“配色方案”作为参考，在此使用红、浅灰与深绿三种颜色。点击图4黄框中的Set按钮即可设定颜色，设置完成后按REFEARCH按钮即可得到图5右热图。

图5.HemI生成热图

如何做热图在这里就讲完了，虽然这个软件挺傻瓜的，但是网站上提供的另外一个软件堪称科研神器：一个是IBS（Illustrator for Biological Sequences，http://ibs./），可以用来画基因结构图（图6），以后抽空会把相关功能在后续帖子中介绍给大家。

图6.基因结构图

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：感谢郭大侠投稿,热图其实是一种芯片的聚类方法，按照表达趋势，而不是样本来进行分簇。看上去简单，但实际上还是挺复杂的，大家可以自己去试试看，练练手。好了，今天就策到这里，请大家毫不留情地赞赏郭大侠吧！

 

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