数据库专题-LncRNASNP

lncRNASNP 简介

长非编码RNA（lncRNA）可以在各种细胞背景下，各种疾病中，以各种机制发挥关键作用。随着人们发现的lncRNA和单核苷酸多态（SNP）数量快速增长，研究lncRNA中的SNP势在必行。为了提供一个有用的资源，该数据库系统地识别了lncRNA中的SNP并分析了它们对lncRNA结构和功能的潜在影响。得到了人类和小鼠中超过30000个lncRNA的SNP，分别有495729和777095个。大量SNP被预测有影响miRNA-lncRNA互作的可能。同时还整合了实验证实的靶向关系，保守的靶向关系和TCGA中miRNA的表达来最优化miRNA-lncRNA在结合位点的互作情况。此外，通过将SNP映射到GWAS结果上，我们发现有142个人类lncRNA SNP是GWAS的tagSNP，还有197827个lncRNA SNP在GWAS连锁不平衡区域。所有的这些数据都放在lncRNASNP数据库中，并分为两部分（小鼠和人类）。lncRNASNP提供用户友好的界面来查询SNP，lncRNA和miRNA。

接着上次补充：lncRNASNP2

该数据库内容强大，整合了各个数据库

是研究lncRNA-miRNA-SNP的不二之选

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数据库构架：

数据库高级搜索

点击search，进入可进行snp,lncRNA,miRNA查询，

我们以图中SNP为例，点击进入可查看SNP具体信息，包括SNP细节，在lncRNA位置，以及对micRNA的靶lnc的影响

点击主页面的micRNA可以查找micRNA的靶lncRNA（保守性和非保守型）,同时显示具体的结合信息

夜深了，好了，就到这吧。

参考内容：

http://www.dxy.cn/bbs/topic/32656313