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整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB： 使用IGV的基本思路安装和配置要用linux上的IGV（首先需要去官网下载一个Linux下的IGV），然后需要一个远程控制工具： 这里使用 VNC，网上下载破解版，安装（输入注册码即可破解，文章底部有注册码）。 运行IGV开启 linux 的 VNCserver，开启了之后，linux上会显示节点和端口，用于Windows端的连接。 vncserver -geometry 1366x768 #调节分辨率
运行 VNC 客户端（VNC viewer）里的 IGV.sh 开启可视化程序（打开Windows的VNC会自动跳转到Linux下的IGV安装目录，双击IGV.sh即可打开）。 1.载入参考基因组数据 可以点击选择一个，也可以通过菜单栏Genomes载入文件。 2.载入排序后的bam文件 通过菜单栏的File，load from file。。。 IGV可视化数据准备不是什么数据都可以拿IGV看的，参考基因组必须为FASTA格式； IGV只是负责将比对结果可视化，并没有比对过程，所以不能直接载入reads； 需要将待比对的reads与前面指定的参考基因组用bwa进行比对； 比对后的sam文件也不能直接载入（麻烦），要转bam；bam排序；bam建索引（可以一步完成）； 命令流程如下：BWA出来的sam文件无法直接被 IGV 利用的，必须经过 samtools 处理后才能被 IGV 显示出来。  samtools view -@ 10 -bS -F 4 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.sam > ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam samtools sort -@ 10 ./contigs_sequence_align_to_public_genome.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted samtools index contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bai
samtools depth contigs_sequence_align_to_public_genome.sorted.bam >depth_reads.txt wc -l depth_reads.txt > Coverage-aln_reads.txt更多的使用细节参照 samtools 使用方法。 IGV 需要设置内存,在看大型基因组时很吃内存. 示例： 下面显示的是组装异常区，这是手动连接的地方，Pacbio全部不能顺利跨过去，说明组装有问题。
以下是单细胞转录组比对可视化：
IGV基本操作如何去掉右边自动弹出的框框？ 蓝色框起来的reads是啥？ …
IGV用户指南目录：
1.用户界面1.1 Main Window（主窗口）
1.tool bar（工具栏），menu bar（菜单栏），pop-up menus（弹出式菜单）。 2.染色体上的红色盒子表示显示这部分染色体，显示完整染色体是红框会消失。 3.尺度显示了染色体的可见部分，刻度线显示了染色体的位置，跨度列表显示了当前显示的碱基的数量。 4.IGV在水平行显示的数据称为tracks。通常,每个tracks代表一个样本或实验。这个例子展示了甲基化、基因表达、拷贝数，LOH和突变数据。 5.IGV也显示某些特性,比如在tracks中的基因。默认情况下,IGV在一个面板显示数据，在另一个面板显示数据特性。拖放一个track名称，将一个track从一个面板移动到另一个地方。 6.Track名称列在最左边面板。名字的易读性取决于 tracks的高度，例如，track越小，它的名字的可读性越小。 7.属性名称被列在顶部的属性面板。彩色块代表属性值,每个独特的值被都有一个独特的颜色。鼠标放在一个颜色块的附近来查看其属性值。
参考资料Viewing Alignments（查看比对，核心文档） IGV软件使用指南(博客)
软件安装： RealVNC是一款免费的远程控制程序，它是VNC （Virtual Network Computing）众多操作平台版本中的一员，这里小编提供的RealVNC适用于windows操作平台，软件采用2048 位 RSA 服务器验证和 128 位 AES 会话加密术，安装此软件的电脑可在全球各地远程操控自己的电脑，所操作平台没有任何限制。 |
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