文章来源:Chris生命科学小站 Cytoscape是一款构建蛋白相互作用网络的实用工具,之前我们已经详细介绍过使用方法,并录制了视频,点文字直达回顾 Cytoscape:蛋白互作--构建生物网络案例实践。 别人家的小哥哥开了一个Cytoscape插件的介绍连载系列, 欢迎小可爱们扫文末的二维码,留言给小哥哥提问 ฅ( ̳· ◡ · ̳)ฅ 点文字复习上一期:从零到壹:Cytoscape插件使用心得~MCODE篇 本期介绍wikipathway
MCODE WikiPathways 是一个开放式协同平台数据库,有大量可视化数据和生物学通路模型。任何人都可以成为WikiPathway的注册用户,注册用户可编辑更新中的数据。WikiPathways 数据库覆盖了主要基因、蛋白质、和代谢产物; 使用的可视化工具为PathVisio;基于BridgeDb框架,并在MediaWiki软件中使用内置链接。 上图这种效果PathVisio编辑器可以做出来,如果感兴趣可以到官网下载https://www./。(Kutmon et al. BMC Genomics 2014, 15:971) 插件wikipathway Cytoscape里的wikipathway除了能做出上面的通路图,当然还有它的绝技网络图。我们以cell cycle通路为例进行讲解。先在APP manager里下载及安装wikipathway。 可能大家会发现APPS里面却没有显示wikipathway,不要急。我们点击file-import-network-public-databases。在Data Source里选择WikiPathways,它提供了多个物种可以选,我们选择Homo sapien,搜索cell cycle。 我们先点击Import as Pathway 然后可以在此基础上对感兴趣的基因进行标注不同颜色(style-selected paint),也可以根据自己的需要进行一定的删减修改。此处重点——选择Import as Network,就会出现网络图。
Wikipathway还有很多功能可以探索,欢迎大家一起分享。 Chris Lou的留言 |
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