掌握了这个万金油套路，课题思路就不用愁了！

lisa雪萍 2018-04-23

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下面我们先来看这个套路涉及到的研究方向：

1. 非编码RNA：circRNA/lncRNA和miRNA，其中circRNA/lncRNA与miRNA以及mRNA的调控关系时，我们选取大家最为熟悉的ceRNA调控关系：circRNA/lncRNA通过吸附miRNA调控mRNA表达（mRNA则又可以翻译成蛋白）。

2. 转录因子：我们在大家说的转录调控到底是什么（2）？一文中做过介绍，简单来说：转录因子这类蛋白可调控circRNA, lncRNA, miRNA和mRNA的转录表达。

这里的Gene X既可以是mRNA，也可以是circRNA, lncRNA, miRNA

3. 调控转录因子的蛋白，比如激酶和泛素酶：很多激酶Kinase可介导转录因子的磷酸化，从而调控转录因子的活化和定位等；很多泛素酶则通过介导转录因子的泛素化进而通过蛋白酶体降解途径降解转录因子，从而调控转录因子表达。

激酶介导的蛋白磷酸化

泛素化（ubiquitin）-蛋白酶体降解途径

好了，万金油的套路涉及到的分子类型就介绍完了。

我们介绍把以上3种关键分子组合起来的各种模式：

（1）以miRNA为中心的模式：下游：miRNA调控靶基因和信号通路，上游：转录因子和lncRNA/circRNA。因此形成：

1.1 模式一：miRNA——靶基因——信号通路；

1.2 模式二：lncRNA/circRNA——miRNA——靶基因/通路；

1.3 模式三：转录因子——miRNA——靶基因/通路；

1.4 模式四：转录因子——lncRNA/circRNA——miRNA——靶基因/通路；

1.5 模式五（反馈回路）：miRNA——转录因子——lncRNA——miRNA

1.6 模式六（反馈回路）：

转录因子——miRNA——转录因子或者

转录因子——lncRNA/circRNA——miRNA——转录因子。

（2）以转录因子为中心的模式：作为蛋白能被磷酸化活化，也能被泛素化降解，因此可形成：

2.1 模式七：激酶——转录因子——靶基因，

2.2 模式八：泛素酶——转录因子——靶基因

2.3 模式九及其它：这里的靶基因也可以是ncRNA，比如miRNA和lncRNA，因此也可以形成激酶/泛素酶——转录因子——miRNA/ lncRNA的模式，

miRNA和lncRNA又可以调控转录因子/泛素酶/激酶从而形成反馈回路。

其实只要灵活变通，模式有太多太多……

下面我们看文章和基金的案例：

miRomics and proteomics reveal a miR-296-3p/PRKCA/FAK/Ras/c-Myc feedback loop modulated by HDGF/DDX5/β-catenin complex in lung adenocarcinoma. Clin Cancer Res.（miRNA——激酶——转录因子反馈回路，模式2.3）
ERK2-ZEB1-miR-101-1 axis contributes to epithelial-mesenchymal transition and cell migration in cancer. Cancer letters.（激酶——转录因子——miRNA，模式2.3）
KRAS/NF-kappaB/YY1/miR-489 Signaling Axis Controls Pancreatic Cancer Metastasis. Cancer research.（通路——转录因子——miRNA，模式2.3或者1.3）
A Novel Regulatory Mechanism of Smooth Muscle alpha-Actin Expression by NRG-1/circACTA2/miR-548f-5p Axis.（因子——circRNA——miRNA，模式1.6）
LncRNA-RP11-296A18.3/miR-138/HIF1A Pathway Regulates the Proliferation ECM Synthesis of Human Nucleus Pulposus Cells (HNPCs).Journal of cellular biochemistry.（lncRNA——miRNA——靶基因/通路，模式1.1）
FBW7 suppression leads to SOX9 stabilization and increased malignancy in medulloblastoma. EMBO J. (泛素酶——转录因子——靶基因，模式2.2)
Destabilization of Atoh1 by E3 Ubiquitin Ligase Huwe1 and Casein Kinase 1 Is Essential for Normal Sensory Hair Cell Development. The Journal of biological chemistry （泛素酶/激酶——转录因子——靶基因，模式2.2）