土壤性质取决于生活其中的微生物，农业生产中病虫害的发生与否，和土壤中的生态系统的组成，有着密切的关系，特别是土传病害与土壤生态系统中微生物群落有关，有害微生物群落占优势则病害会严重，有益微生物菌落占优势即可抑制病虫害的发生。
在农业生产中，对田地的管理方法主要根据土壤的化学性质（酸碱度、有无有机养分）和物理性质（透水性和保水能力等），而针对土壤的生物性能很少考虑，特别是对土壤微生物的研究常常被忽略。土壤类型分类依据也主要是物理性质或化学性质，没有根据生物性质进行分类。其实土壤是氮磷钾等各种物质转化循环的主要场所，这些物质的循环转化对农作物的生长起着决定性的作用，而这些循环转化均有微生物的参与。
有益微生物应用在农业生产中，既能保持有机农业的传统，少施或者 不施化肥、农药等，又能提高农作物的产量，还能改善农产品的品质。这种技术是人为的向土壤中加入有益微生物，改变土壤生态系统组成，抑制土壤中腐败菌群和病原性微生物的生长与繁殖，使土壤微生物群落变成发酵合成类型，也使土壤变成发酵合成型土壤。
EM菌技术在土壤改良中作用:
将EM菌施入土壤中，可以将土壤中的有机物，转化成对作物有用的氨基酸和碳水化合物（糖类）等。还能产生各种生物活性物质和抗病物质促进作物生长，提高作物的抗病能力。EM技术不仅能使土壤中有机物得到的充分利用，使土壤本身肥力增加，还能改善土壤的物理性质和化学性质，降低土壤容量，增强土壤的透水性和保水能力等。
长期使用EM菌，可以减少以致完全不用化肥、农药，最终实现免耕作业。与化肥相比，EM菌液稀释液＋动物粪便发酵后可以使土壤中速效钾提高5%，速效磷提高31.2%，全氮提高15.5%，而且土壤越种越肥沃，有益小动物（蚯蚓等）倍增，渗水、保水、透气性能增强，促进团粒化。连用三、五年，土壤生态、物理、化学性能彻底改良后，可用实现免耕种植。
EM种植专用型菌液使用方法:
1、制作EM堆肥
牛粪、猪粪等牲畜粪便掺入秸秆、稻壳、锯木屑等吸水材料后，按制作EM固体发酵料的方法可发酵制作堆肥。以牛粪为例：牛粪1000kg，秸秆粉或稻壳、木屑100kg，与牛粪混合均匀（若再添加2~3%的EM菌，可提高成功率）；EM菌液2-3kg，糖蜜2-3kg，水20-30％（视干湿度增减水量），将EM菌液与糖蜜溶于水，均匀喷洒在牛粪混合料上，边喷边翻，堆成高1.2米、宽约2米的粪堆后，覆盖上塑料膜，用草帘等适当遮光，中间适当翻堆一两次，等粪堆表面出现白色菌丝并有酒曲香味，即发酵成功。其他材料（豆粕、菜籽饼、酒糟等）亦可按此方法制作EM堆肥。想了解更多EM菌可以搜索启富农业
2、整地
水田：春耕时，对有肥田草和稻草还田的田块，每亩喷洒EM-农业专用型的1000倍稀释液沤田（约需EM菌液10公斤/亩）；没有肥田草和稻草还田的田块，施用EM堆肥。
旱地：整地时施用EM堆肥，翻耕入土20公分左右，并用500-1000倍EM菌液均匀喷洒。
3、生长期
用500-1000倍EM菌液稀释液喷洒叶面（正反两面）或浇根，一般每月喷洒2-3次，并视作物长势追施EM堆肥。
4、蔬菜
菜地或大棚施用EM堆肥作底肥，种子用EM菌液的200倍稀释液浸泡处理，生长期叶面喷洒EM菌液的500-1000倍稀释液，每月喷洒2-3次，浇灌时用EM菌液的1000倍稀释液。亦可视情喷洒EM防虫液（稀释500倍）。
5、果木
苗圃整地时可施用EM菌液发酵堆肥作基肥。施用时可均匀播撒后浅耕，也可在植株周围挖穴埋入，深度约15-20厘米。种子可用EM菌液菌液的200倍稀释液浸泡处理，育苗期及整个生长期可定期喷洒EM菌液500-1000倍稀释液，并喷洒EM防虫液（500倍稀释）。插枝或分株时，可用EM菌液的500-1000倍稀释液浸泡切口30分钟，干燥后定植。 来自 网络整理
