毕竟你们现在都在拼命往lncRNA结合miRNA还有LncRNA结合DNA作为诱导上去努力,但实际上这篇蚊帐用的是生信的方法,来分析LncRNA与蛋白间的互作关系 当然,LncRNA和蛋白间的互作 今年还没过完蚊帐量就已经比去年多了,那文献质量怎么样呢? 高分虽然一直持平,但中档次的文献是在连年增长的 当然,这里就有一个问题了,蛋白和RNA的互作,是基于两者序列的,也就是说要同时分析蛋白的序列以及RNA的序列才行 他们用几个常见的蛋白,来分析 而RNA结合蛋白的氨基酸位点与mRNA和LncRNA之间的结合也是相似的 而同样LncRNA上的蛋白结合位点,在不同的数据库中,所结合的蛋白也都差不多 这就说明LncRNA和蛋白的互作关系,确实是与他们的序列有关。当然,这么一篇蚊帐并不能说明大家的关注度,前几天NATURE GENETICS (IF=27.125)上的另一篇文献: 这篇文献做法差不太多,但是用了一种叫k-mer(类似序列相似度)的算法来进行计算,发现有相似GO分组,也就是功能相近的LncRNA,有着类似的RNA序列: 可能看到这里你并不是特别明白,也不会有很多思路,但如果随便拓展一下:LncRNA和mRNA之间的类似序列,会不会和它们结合miRNA一样有着竞争关系呢?卧槽,听上去就比ceRNA来得高大上很多了吧。 当然,完全看不懂也没关系 比如这个CLIPdb,还真的蛮好用 或者这个doRiNA也蛮有意思的: 有兴趣就去自己试试看吧。好了,今天就先策到这里吧,祝你们心明 |
|