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LncRNA的临时未来指南

 yjt2004us 2018-09-24
放假没事,看看漫画,然后就来刷刷文献吧,其实刷文献并不会有什么太大负担。为啥?毕竟不是让我写蚊帐,即使看不懂也会有收获(就是这么自信。实际上是因为我看到了两篇文献,然后就随便夏季把给你们分析一下LncRNA未来的研究趋势。


毕竟你们现在都在拼命往lncRNA结合miRNA还有LncRNA结合DNA作为诱导上去努力,但实际上这篇蚊帐用的是生信的方法,来分析LncRNA与蛋白间的互作关系的:



当然,LncRNA和蛋白间的互作,可能会成为未来的一个趋势。随便分析了一下五年来这个课题的趋势(删掉了OT和SR等等这样的水刊):



今年还没过完蚊帐量就已经比去年多了,那文献质量怎么样呢?



高分虽然一直持平,但中档次的文献是在连年增长的。那我们回过来看看这篇蚊帐讲了啥哈。他们用了几个RNA-蛋白互作数据库,来进行分析:



当然,这里就有一个问题了,蛋白和RNA的互作,是基于两者序列的,也就是说要同时分析蛋白的序列以及RNA的序列才行



他们用几个常见的蛋白,来分析,发现对于某一个蛋白的RNA结合位点的氨基酸来说,结合RNA的能力基本上是一致的(不同的点就是不同类型的LncRNA):



而RNA结合蛋白的氨基酸位点与mRNA和LncRNA之间的结合也是相似的红的mRNA蓝的LncRNA):



而同样LncRNA上的蛋白结合位点,在不同的数据库中,所结合的蛋白也都差不多用了GENCODE来注释):



这就说明LncRNA和蛋白的互作关系,确实是与他们的序列有关。当然,这么一篇蚊帐并不能说明大家的关注度,前几天NATURE GENETICS (IF=27.125)上的另一篇文献:



这篇文献做法差不太多,但是用了一种叫k-mer(类似序列相似度)的算法来进行计算,发现有相似GO分组,也就是功能相近的LncRNA,有着类似的RNA序列:



可能看到这里你并不是特别明白,也不会有很多思路,但如果随便拓展一下:LncRNA和mRNA之间的类似序列,会不会和它们结合miRNA一样有着竞争关系呢?卧槽,听上去就比ceRNA来得高大上很多了吧。


当然,完全看不懂也没关系毕竟,这两篇文献给我们贡献了几个有用的RNA蛋白互作的数据库不是么?


比如这个CLIPdb,还真的蛮好用



或者这个doRiNA也蛮有意思的:



有兴趣就去自己试试看吧。好了,今天就先策到这里吧,祝你们心明眼亮。

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