miRNA自从火起来,热度就一直没降过。 可是,天天和它打交道,你知道它那复杂的名字是什么意思吗?
一查资料发现更懵了,怎么看起来如此复杂? 让小编来简单粗暴地给大家讲一下miRNA命名,一些常见的基本都覆盖了。
先放一张流传甚广的miRNA命名图
一张图差不多包含了所有内容,接下来小编进行详细讲一下。
1. hsa-miR-19 该miRNA名称组成为:“物种”-“类别”-“序号”
物种:hsa、mmu、rno分别代表人、小鼠、大鼠。 类别:mir、MIR、miR分别代表动物未成熟miRNA、植物未成熟miRNA、成熟 RNA。 序号:即阿拉伯数字。代表miRNA发现的先后顺序。一般情况下,数字越小,发现越早。
2. hsa-miR-19b 对于相似度非常高但又不完全相同(如:仅差一两个碱基)的成熟miRNA,加上一个英文小写字母(a,b,c,…)以示区别。
3. hsa-miR-19b-1 后面添加的阿拉伯数字是指:一些位于基因组不同部位的DNA序列能够转录加工产生同样的成熟体序列的RNA,为了对其进行区别,在后面加上不同的阿拉伯数字。
4. hsa-miR-19b-1-5p 一些pre-miRNA可以产生两个mature RNA,在对应pre-miRNA茎环结构5’和3’序列的mature miRNA名称尾部加上后缀-5p和-3p以示区分,分别表明从前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。
5. hsa-miR-19b-1-5p 两个mature miRNA由同一个pre-miRNA产生,且表达量已知,那么将其中表达量低的mature miRNA尾部加上标识:*。
看到这里,可能会有疑问:前面提到的Pre-miRNA和mature RNA是指?
成熟的miRNA(mature RNA)是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的。
初级转录物(pri-miRNA)长度从几百到几千个碱基不等,带有5’端帽子和3’poly A尾巴,以及一到数个发夹茎环结构。pri-miRNA经剪切产生约70个碱基的miRNA前体,即pre-miRNA。
miRNA前体(pre-miRNA)经进一步剪切,形成长度约为22个碱基的单链成熟miRNA。
接下来是miRNA数据库推荐: miRBase: http://www. 是miRNA的主要公共数据库,提供miRNA序列,注释查询,定位,发卡序列以及命名服务。
microRNA.org: http://www./ miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标的预测信息以及miRNA在不同组织的表达谱。
deepBase: http://deepbase./ deepBase从新一代测序技术(深度测序技术,deep-sequencing)数据中注释和鉴定microRNA,piRNA,siRNA基因及长非编码RNA基因及其他们的表达模式。
starBase: http://starbase./ starBase 是一个整合多个数据库的寻找结合位点的网站,提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标。
targetScan: http://www./vert_70/ TargetScan是比较常用的网站,简单易懂,通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因,预测miRNA靶标假阳性率较低。
TarBase: http://www./ TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因,包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因。
miRanda: http://www./microrna/home.do miRanda是一个miRNA靶基因预测软件,适用范围广泛,不受物种限制,同时提供windows,linux,和macintosh多平台版本,可以下载到本地运行。
RNAhybrid: https://bibiserv.cebitec./ RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具,基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标,主要用作microRNA靶基因预测。
CoGeMiR: http://cogemir./ CoGeMiR数据库总结关于在进化过程中MicroRNA 在不同动物中的保守性。该数据库搜集已知的和预测的microRNA关于染色体定位、保守性和表达谱方面的信息。
miRNApath: http://lgmb.fmrp./mirnapath/tools.php miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。
mirWalk: http://zmf.umm./apps/zmf/mirwalk/ 查找通路中的miRNA以及其靶基因,并且能够查询疾病相关miRNA。
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