TargetScan是一款预测miRNA结合位点的软件,对于哺乳动物中miRNA结合位点预测的效果非常好。为了更加方便的进行miRNA的研究,针对人类中的miRNA, miRcode的开发者预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用,比如
基于hg19版本的基因组, 转录本注释来源于Gencode v11版本,并将转录本划分成了不同类别,示意如下
在预测miRNA结合位点时,采用的是TargetScan v6定义的miRNA family, 同一个family下的miRNA具有相同的结合位点类型,示意如下 对于预测到的miRNA结合位点所在区域,也提供了相关的注释,首先根据46个脊椎动物的比较基因组学结果,定义了结合位点在不同物种间的保守性,并划分了不同类别;其次提供了结合位点在转录本上的分布信息,将转录本划分成了3’UTR, CDS, 5’UTR等区域;最后根据结合位点附近是否有重复元件,提供了repeat相关的注释。 通过检索功能可以方便的检索数据库中的信息,检索框如下所示 可以根据基因类别,结合位点保守性以及在转录本上的分布对结果进行过滤和筛选,检索结果示意如下 随着Gencode, targetscan等数据库的不断更新,目前看来,该数据库中的内容显得过于老旧,但是其分析的思路仍然值得借鉴。 ·end· |
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