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张宪:NGS在肿瘤靶向中的应用进展

 生物_医药_科研 2018-12-17

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讲者和课程介绍

讲者张宪

南京大学生命科学学院博士,南京世和基因医学部副总监。主要研究方向:肿瘤转化医学方向,分子生物学方向,端粒、端粒酶方向肿瘤基础研究。


课程简介

课程中,张宪结合临床研究和临床实践中的真实数据库,分享了NGS在肿瘤靶向、免疫、放射治疗中的应用前景,欢迎收看。

肿瘤评论对其中主要内容做了整理,以飨读者。

01. NGS在肿瘤靶向中的应用进展

02. NGS在肿瘤免疫治疗中的应用进展

03. NGS在肿瘤放疗中的应用

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01. NGS在肿瘤靶向中的应用进展

NCCN指南中推荐进行肺癌多基因检测。肺癌存在多驱动基因,多个驱动基因都有对应靶向药物解决方案,EGFR和ALK是目前NSCLC患者最常见的驱动突变基因。这两个基因只关注了EGFR 19外显子插入,EGFR 21外显子L858R,以及EML4-ALK融合。


EGFR罕见突变

现实中,新技术的发展发现了大量EGFR罕见突变,如EGFR 20外显子插入,18外显子G719X等突变。罕见突变的治疗也是当今关注的内容。研究显示,罕见突变患者使用一代TKI治疗的疗效较差。


目前,美国FDA批准阿法替尼用于罕见EGFR突变NSCLC,适用于S768I,L861Q,和G719X突变。这是基于一项不同类型EGFR罕见突变使用阿法替尼的研究结果。


除了S768I,L861Q,和G719X突变,EGFR 20外显子插入也是重要的罕见突变。20外显子突变在罕见突变中比例最高,但是治疗上非常困难,EGFR 20外显子插入突变除763以外均为TKI耐药突变。


EGFR 20外显子插入突变的比例并不低,张副总监所在公司世和基因的9000多例数据显示,突变频率约为3%。目前尚无有效的治疗方法,相关药物处于研发阶段,如AUY922 II期临床研究。新药Poziotinib的I期临床研究得到很好的结果,II期结果ORR约60%。



ALK罕见突变

NGS检测发现了ALK罕见融合伴侣,并进行进一步验证。


世和基因发现了一例罕见融合,通过NGS检测发现GCC2-ALK新融合。mRNA桑格测序成功验证DNA/ctDNA层面基因融合。在分子层面验证ALK新融合能够激活下游通路并且能被克唑替尼显著抑制;在细胞学层面验证ALK新融合对克唑替尼有响应。在临床中,患者使用克唑替尼获得长时间响应。


除了热点突变外,罕见突变也可以通过检测获得进展。



耐药机制

一代TKI耐药机制比较清楚,三代TKI奥西替尼耐药机制有所研究,发现C797耐药突变。世和基因搜集90多例奥西替尼耐药患者,研究耐药机制,发现除了C797突变,还有G796、L792、L718Q耐药突变等;而是虽然对三代TKI耐药,但对阿法替尼敏感。三代耐药的患者,可以选择其他TKI治疗。


二、NGS在肿瘤免疫治疗中的应用进展

CheckMate系列研究证实,TMB与免疫治疗的疗效相关。CheckMate026回顾性研究证实,高TMB患者从免疫治疗中获益。CheckMate227研究是首个、也是目前唯一一个评估并证实,无论PD-L1表达水平如何,I-O/I-O一线联合治疗能够为TMB高表达的NSCLC患者带来PFS显著获益的III期临床研究。


TMB检测需要全外显子检测,临床可及性较差。研究发现大的Panel也可以进行检查,美国FDA批准了两个Panel,Foundation Medicine旗下产品FoundationOne CDx,MSKCC的MSK-IMPACTTM。


世和基因使用422个基因的Panel检测TMB,结果与全外显子Panel非常吻合。通过用10万例患者数据,建立了肿瘤患者TMB数据库,分析显示,不同癌种TMB分布差异显著。患者不仅可以检测得到TMB值,还能得到在人群中的分布情况。2017年世和基因率先在国内推出了TMB检测产品。


目前,世和基因在免疫治疗TMB方向进行研究。其中一项研究有11例组织样本,显示不同TMB水平对免疫治疗反应不同。


三、NGS在肿瘤放疗中的应用

NGS除了在靶向、免疫治疗应用,在放疗中也有研究,主要用于解决相关问题。


临床问题:不同个体放疗敏感性存在差异

研究认为,放疗敏感性与一些通路。第一是DNA损伤修复通路受损可能增加放疗敏感性。由于放疗引起的DNA损伤可以通过多种DNA修复途径弥补,抑制DNA损伤修复相关蛋白的功能,可能增加细胞对放化疗的敏感性。第二,细胞凋亡通路受损可能降低放疗敏感性。第三,细胞增殖通路激活可能降低放疗敏感性。


临床问题:放疗过程导致急性损伤或慢性损伤

放疗会导致一些患者出现放射性肺炎、放射性食管炎等损伤。文献报道了多个SNP位点与放疗毒性相关,约21个与二级以上毒性相关。世和基因发现了新的SNP位点,以及基因突变。


临床问题:放疗复发

放疗后一些患者有长期获益,一些很快复发。文献报道,KEAP1/NRF2基因突变与放疗复发风险相关,世和基因的研究证实了其结果。


对于以上与放疗相关的基因,以及靶向、免疫治疗相关基因,世和基因做了大的Panel,患者一次检测可以获得所有的指导意见。


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