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复杂的免疫微环境   本文选取19个黑色素瘤患者的4645个细胞做了单细胞转录组测序，针对肿瘤组织内部的肿瘤细胞、免疫细胞、基质细胞以及内皮细胞等细胞类型进行了深入研究，试图探究不同黑色素瘤患者间肿瘤异质性及肿瘤微环境的异同。  细胞类型分析 通过CNV分析和tSNE降维分析，确定肿瘤细胞和非肿瘤细胞，恶性肿瘤细胞根据其基因表达谱的不同可细分6个亚群，体现了同一肿瘤组织内部的肿瘤异质性以及不同患者的黑色素瘤细胞的不同状态。非肿瘤细胞根据不同的细胞类型可细分为6个亚群，展示了黑色素瘤组织内复杂的肿瘤微环境。  肿瘤组织异质性分析 不同病人间肿瘤组织表达谱区别较大。同一肿瘤组织中，靶向药敏感亚群和耐药亚群同时存在，不同组织中两者比例不同。单细胞分析发现的耐药亚群marker可以指导常规RNA-Seq对治疗效果的追踪。  免疫微环境分析 通过对T细胞、B细胞、巨噬细胞、内皮细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）等的分析，发现不同病人间的非肿瘤细胞群体分类大致相同，但是比例不同，结合单细胞数据，可以使用算法将TCGA黑色素瘤RNA-Seq数据根据微环境中细胞组分聚类。细胞组分和耐药细胞百分比具有一定的相关性，尤其是癌相关成纤维细胞（CAF）的比例，推测肿瘤细胞和CAF的相互作用影响整个肿瘤组织表达谱。  T细胞浸渍分析 T细胞耗竭和杀伤性T细胞激活有强相关性。通过单细胞数据，可以解析分离出和T细胞激活不相关的T细胞耗竭marker，更好的指导后续免疫治疗的病人分组。   中科普瑞是中国十万人甲基化组计划（表观星图计划）的项目实施方，公司科研服务平台致力于提供以表观基因组学研究为特色的多组学研究系统整体解决方案，具有丰富的项目课题经验，并通过十万人甲基化组项目建立中国人DNA甲基化基准数据库。 中科普瑞下设全资子公司上海鲸舟基因科技有限公司/上海鲸舟医学检验所，立足新一代测序及其衍生技术，以医学生物信息学为核心，提供覆盖肿瘤分子病理诊断，用药指导和预后预测，早期筛查、甲基化研究和应用、单细胞研究和应用、新型病原微生物感染、重大疾病风险评估、多组学科技服务等综合解决方案。 |
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