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案例分享 | 基因检测辅助诊断遗传病——脊髓性肌萎缩症(SMA)

 生物_医药_科研 2019-01-07


脊髓性肌萎缩症(Spinal Muscular Atrophy,SMA)指一组遗传性神经肌肉疾病,其特征在于脊髓前角细胞的α神经元(即下运动神经元)和脑干核的进行性退化和丧失,导致对称性的肌肉无力和肌萎缩。与远端的肌肉相比,近端的肌肉更加虚弱(近端>远端)。肌肉无力通常随年龄增长而加重。体重增加不良伴生长障碍,限制性肺病,脊柱侧凸,关节挛缩和睡眠困难是常见的并发症。SMA在人群中的携带频率约为1/40-1/50,发病率约1/8000-10000,是第二常见的致死性常染色体隐性遗传病,仅次于囊性纤维化。


其他形式的脊髓性肌萎缩及相关运动神经元疾病,如脊髓性肌萎缩伴进行性肌阵挛性癫痫(ASAH1基因,AR)、脊髓性肌萎缩伴下肢主导(DYNC1H1BICD2基因,AD)、X连锁婴幼儿脊髓性肌萎缩( UBA1基因,XLR)、脊髓性肌萎缩伴呼吸窘迫1型(IGHMBP2基因,AR)等,都是由其他基因突变引起的。


2018年5月11日,国家卫生健康委员会等5部门联合制定了《第一批罕见病目录》,SMA被收录其中。


疾病类型


0型SMA(先天性SMA)在出生之前就很明显,是最罕见和最严重的形式。受感染的婴儿在子宫内活动较少,因此通常生来就有关节挛缩。出生时肌张力减退,呼吸肌非常虚弱,由于呼吸衰竭,他们往往活不过婴儿期。一些0型脊髓性肌萎缩症的婴儿出生时也有先天性心脏缺陷。


I型SMA(急性婴儿起病或Werdnig-Hoffmann病,OMIM 253300)是最常的形式。在出生或出生后的头几个月里,肌肉明显无力。大多数受影响的儿童无法控制他们的头部运动,也无法独立坐着。可能有吞咽问题,可能导致喂养困难和发育不良。由于呼吸肌无力以及异常钟形胸部阻止肺部完全扩张,可能会有呼吸问题。由于呼吸衰竭,大多数I型SMA儿童不能在儿童早期存活。


II型SMA(慢性婴儿起病或Dubowitz病,OMIM 253550)的特征是6到12个月大的儿童肌肉无力。这种类型的孩子可以独坐,尽管他们可能需要帮助才能坐好。然而,随着儿童后期肌肉无力恶化,受影响的人可能需要支持才能坐下。患者不能独立站立或行走,手指往往会不由自主地颤抖,脊柱侧凸,呼吸肌无力可能会危及生命。II型SMA患者的寿命各不相同,但许多能活到二十或三十多岁。


III型SMA(慢性青少年起病或Kugelberg-Welander病,OMIM 253400)通常在儿童早期后引起肌肉无力。可以独立站立和行走,但随着时间的推移,行走和爬楼梯可能会变得越来越困难。许多受影响的人在晚年需要轮椅的帮助。III型SMA患者的预期寿命一般正常。


IV型SMA(成年发病,OMIM 271150)很罕见,通常在成年早期开始。通常会出现轻微到中等程度的肌肉无力、震颤和轻微的呼吸问题。IV型SMA患者具有正常的预期寿命。


SMA表型谱


发病原因


SMA患者的主要致病基因是运动神经元存活基因(survival motor neuron,SMN)。SMN基因位于5号染色体长臂1区3带(5q13)上,具有9个外显子(外显子1,2a,2b,3-8),全长约27kb,编码294个氨基酸的RNA结合蛋白SMN,这是高效组装小核内核糖核蛋白(snRNP)复合物所必需的。


有2个高度同源拷贝SMN1(OMIM 600354)和SMN2(OMIM 601627),端粒侧称SMN[T]SMN1,着丝粒侧称SMN[C]SMN2。两者仅在各自的3’端有5个碱基的差别,其中2个碱基位于外显子7、8,另3个碱基在内含子6、7中。其中,在外显子7的c.840C>T突变最为关键,导致SMN2的外显子剪接增强器功能受到抑制和SMN2外显子7跳跃。第8号外显子中的碱基变化对功能没有明显影响。


SMA患者中,约95%为SMN1基因第7和第8外显子纯合缺失或第7外显子纯合缺失所致,5%为SMN1杂合缺失、点突变或SMN1基因转化为SMN2基因所致。SMN1变异会减少SMN蛋白的产生,从而导致脊髓中前角细胞的丧失。虽然SMN1的缺失可以由SMN2来弥补,SMN2可以产生足够的SMN蛋白以允许除运动神经元之外的细胞类型的相对正常的发育。然而,SMN2并不能完全弥补SMN1的缺失,因为虽然SMN2的转录水平与SMN1相当,但大部分SMN2转录本缺乏外显子7,导致产生截短的不太稳定的SMN蛋白。SMN1/SMN2拷贝数检测是SMA携带者筛查与临床确诊的重要手段。


着丝粒SMN[C]基因(SMN2)缺失不会导致SMA,但SMN2基因拷贝数的增加与较温和的SMA表型有关。


通常,人们在每个细胞中具有2个SMN1基因拷贝和1-2个拷贝的SMN2基因。然而,SMN2基因的拷贝数有所不同,有些人最多有8个拷贝。在患有SMA的人中,具有多个SMN2基因拷贝通常与在生命后期发展的病症的不太严重的特征相关。SMN2基因产生的SMN蛋白可以帮助弥补由SMN1基因突变引起的蛋白质缺乏。 0型脊髓性肌萎缩症患者通常在每个细胞中具有0个拷贝或SMN2基因的1个拷贝,而I型患者通常具有1个或2个拷贝,II型患者通常具有3个拷贝,III型患者具有3个或者4个拷贝,IV型有4个拷贝或更多。许多未知的其他因素也导致SMA的严重程度变化。


疾病诊断


患有以下情况的个体应怀疑脊髓性肌萎缩症(SMA):


①有运动障碍史,特别是技能丧失

②近端肌无力

③肌张力减退

④无反射/反射减退

⑤舌束震颤

⑥身体检查有运动单位疾病的证据 


2008年全美医学遗传学会(American College of Medical Genetics,ACMG)建议不分地域种族,对所有育龄人群实施SMN1携带者基因筛查,对高风险胎儿实施产前诊断或植入前诊断。


对于与SMA临床症状相似的患者,可通过MLPA、DHPLC 和实时荧光定量PCR等方法检测其SMN1基因。如SMN1基因纯合缺失,即2个SMN1基因均缺失,则可确诊为患者。如果只检出1个SMN1基因,即SMN1杂合缺失,则可能存在以下3种情况。


SMN1基因在RNA水平检测出该基因某一位点存在点突变,则可确诊为SMA患者。


②临床诊断十分倾向SMA,但仅检测到杂合缺失,未找到具体突变位点,这时需谨慎判断是否为患者。因为基因检测方法尚不能覆盖全长SMN1基因,可能为没有检测到突变位点,而非突变位点不存在,此时需再次结合患者临床表现作进一步判断。


③仅存在SMN1基因杂合缺失,而无SMA临床表现及突变位点,则为携带者。

当显示存在2个SMN1基因时,需再次分析临床特征,排除其他的运动神经元疾病,例如肯尼迪病(脊髓延髓肌萎缩症),远端SMA和肌萎缩侧索硬化等。

 

基因检测案例分享


临床信息:女,2-3个月,肌无力、喂养困难、吮吸力低。脊髓性肌肉萎缩症待查。

检测项目:送检基源基因全外显子测序,基于WES二代测序数据的SMN基因分析显示:检出SMN1基因拷贝数为0,SMN2基因拷贝数为2。该结果匹配疾病表型为脊髓性肌肉萎缩症;未检出SMN1基因点突变。


一、SMN1,SMN2基因关联疾病表型简介

OMIM收录该基因关联疾病表型:

注:“AR”:常染色体隐性遗传。

信息参见:

https://www./entry/600354


二、变异解析

受检者检出SMN1基因拷贝数为0,即SMN1基因纯合缺失,导致脊髓性肌肉萎缩症(SMA),主要临床表现为呼吸困难、对称性近端肌无力,出生6个月内发病。


三、遗传咨询建议


受检者检出SMN1基因纯合缺失,且MLPA检出受检者父母均存在SMN1基因外显子7杂合缺失(如下图),其下一胎有25%的概率遗传到SMN1基因纯合缺失而患脊髓性肌肉萎缩症(SMA),建议进行生育前遗传咨询。


受检者之父:


受检者之母:


SMA诊疗进展

 

一、护理:咳痰机、呼吸机、站立架、胃造瘘手术等,延长患者生存期和提高生活质量。


二、药物:


①神经保护小分子药物


Olesoxime(TRO19622),一种新型神经保护分子,目前正在SMA(NCT02628743)中进行研究。其次,由Cytokinetics与日本药企Astellas合作开发,一种新的肌钙蛋白激活剂(CK-2127107)目前正在进行SMA的II期试验(NCT02644668)。


②基于RNA的治疗方法


该治疗方法旨在改变SMN2剪接以增加含有外显子7的转录物的比例,从而增加全长SMN蛋白。反义寡核苷酸(ASO)(ASO-10-27或ISIS-SMNRx)是单链RNA分子,专门设计用于靶向SMN2转录物中的互补序列,导致包含外显子7。Hua等试验表明在脑室内注射ASO-10-27后校正SMN2剪接并恢复小鼠运动神经元中的SMN表达,而皮下注射使其寿命延长25倍。Ionis 公司已完成ASO 的I期、II期和III期临床试验(NCT01494701,NCT01703988,NCT01839656,NCT02193074,NCT02292537,NCT02386553)。


2016年12月24日,美国食品药品监督管理局(FDA)批准了Biogen和Ionis制药联合开发的脊髓性肌萎缩症(SMA)反义核苷酸(ASO)治疗药物Nusinersen(原名ASO10-27、ISIS-SMNRx)(商品名Spinraza)上市。作为全球首个获批治疗脊髓性肌萎缩的孤儿药,Spinraza的价格非常昂贵。第一年的价格在 $750,000,后续治疗花费也是在每年 $350,000。目前研究显示该药物效果非治愈,只大约50%多患者身上帮助稳定病情和改善运动能力(详见:https://www./)。


至少另外两种SNM2剪接修饰剂目前正在SMA中进行临床试验,包括诺华制药公司LMI070(NCT02268552)和罗氏公司 RG7916(NCT02633709)。


③基因替代疗法


在SMA中也正在研究病毒传递SMN1的基因替代疗法。Foust和他的同事证明,在出生后第1天将携带SMN1的腺相关病毒9 (AAV9)静脉注射给SMA小鼠导致正常寿命(> 400天),而未治疗小鼠则为16天。


AveXis公司的产品AVXS-101针对的是SMN1基因本身。AVXS-101利用病毒作为载体,通过输液的形式将正常SMN1基因的拷贝传递到患者自己的神经元细胞中,从而产生SMN 蛋白。AveXis公司已经完成了含有SMN1(AVXS-101)的AAV9的I期试验,静脉内给予I型SMA婴儿(NCT02122952),正在进行AVXS-101的I期、II期和III期临床试验(NCT03381729,NCT03421977,NCT03505099,NCT03461289,NCT03306277)。

 

参考文献:

刘倩, 吴菁. 脊髓性肌萎缩的诊疗进展[J]. 中国产前诊断杂志(电子版), 2014(3):54-58.

张蕾, 颉小玲, 李娟, et al. 脊髓性肌萎缩症遗传学及治疗研究进展[J]. 临床儿科杂志, 2017(8).

Hua Y, Sahashi K, Rigo F, Hung G, Horev G, Bennett CF, Krainer AR. 2010. Peripheral SMN restoration is essential for long-term rescue of a severe spinal muscular atrophy mouse model. Nature. 2011;478:123–6. 

Foust KD, Wang X, McGovern VL, Braun L, Bevan AK, Haidet AM, Le TT, Morales PR, Rich MM, Burghes AH, Kaspar BK. Rescue of the spinal muscular atrophy phenotype in a mouse model by early postnatal delivery of SMN. Nat Biotechnol. 2010;28:271–4. 

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