大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!
背景知识NGS与转录
文献综述一定要看
PPT:Basics of ChIP-Seq ChIP-seq Data Analysis 图中可以看到,基本原理是:特定时间点上用甲醛交联等方式“固定”细胞内所有DNA结合蛋白的活动,细胞内蛋白和DNA相互作用的关系被“截屏”了=》然后裂解细胞、断裂DNA(此时存在蛋白、与蛋白相连的DNA、游离的DNA)=》加上特定抗体取出蛋白及相连的DNA=》将与蛋白相连的DNA解离、纯化=》测序=》看到蛋白质抓取的片段们就是IGV中形成的峰,而游离的DNA们就没有峰 综述:ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia (2012) 首先就介绍了ChIP的历史【染色质免疫沉淀(Chromatin immunoprecipitation ,ChIP)技术诞生很早,由Orlando等人创立于1997年,发表于2000年,先利用Microarray技术 ChIP-chip,后2007年利用DNA sequencing技术 ChIP-seq。虽然技术在进步,但都是要先通过免疫沉淀拉下来DNA】 它用来研究细胞内DNA与蛋白质相互作用,确定特定蛋白(如转录因子)是否结合特定基因组区域(如启动子或其它DNA结合位点),或确定基因组上与组蛋白修饰相关的特定位点 然后提到两个组织:ENCODE(http:///ENCODE/ )和modENCODE(http://www./ for small genomes),他们在4个物种(果蝇、秀丽隐杆线虫、人、小鼠)的100多种细胞做了超过1000次ChIP-seq实验,发现了140多种不同的因子和组蛋白修饰 文献:Getting-Started-with-ChIP-Seq(2013) http:///wp-content/uploads/2013/02/Getting-Started-with-ChIP-Seq.pdf Key steps:
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