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myplot：像ggsave一样优雅地保存R基础图形 myplot：Gracefully Saving Base R Graphics like ggsave English help please see: https://github.com/kumine/myplot 1. R基础图形保存函数的缺点R语言是强大的应用广泛的可视化软件，R基础包提供了众多的函数如bmp、jpeg、png、tiff和pdf保存图形。但是这些函数是分散的，不容易转换到不同的格式。在实际应用中，我们常常需要将图形保存为png和pdf格式，一般通过如下的代码实现，需要写了两次代码，代码很臃肿。而且如果我们需要修改某些参数，必须修改两个地方，特别麻烦。 而且pdf函数不能设置单位，默认单位为英寸。当我们要指定图形大小，必须以英寸为单位，像我用惯了mm,cm单位，用pdf就感觉很别扭。 #同时保存png和pdf，一般实现方法 set.seed(1) x=rnorm(100) y=x*5+rnorm(100) png(file='test1.png',units = 'cm',width = 15, height = 15, units = 'cm',res=300) plot(x,y,pch=20) lm=lm(y~x) abline(lm,col='red') points(x[1:5],y[1:5],col='blue',cex=1.5,pch=20) dev.off() pdf(file='test1.pdf') plot(x,y,pch=20) lm=lm(y~x) abline(lm,col='red') points(x[1:5],y[1:5],col='blue',cex=1.5,pch=20) dev.off() 2.优雅的ggsave在ggplot2包中，ggsave是便捷的集成化的保存图形函数，可以特别方便地将图形保存为各种格式。 # 优雅的ggsave library(ggplot2) ggplot(mtcars,aes(mpg,wt))+ geom_point() ggsave('mtcars.pdf') ggsave('mtcars.png') ggsave('mtcars.pdf', width = 4, height = 4) ggsave('mtcars.pdf', width = 20, height = 20, units = 'cm') ?ggsave # see more help 3. myplot: 像ggsave一样优雅地保存R基础图形能不能像ggsave一样优雅地保存R基础图形？用myplot包就可以实现该功能。 myplot包有两个函数： · myplot: 用match.call函数记录下所有的R代码，然后传给plotsave保存图形。 · plotsave: 用eval函数解析myplot记录的代码，并保存为各种格式。plotsave 代码修改自ggsave,具有ggsave的所用优点。 3.1 myplot的一般用法如下的代码是myplot的一般用法，我们将每一行代码当作一个参数传给myplot，这样用起来显得还是有些麻烦，必须将代码用逗号(,)分开。 #myplot的一般用法 library(myplot) set.seed(1) x=rnorm(100) y=x*5+rnorm(100) p=myplot(plot(x,y,pch=20), lm=lm(y~x), abline(lm,col='red'), points(x[1:5],y[1:5],col='blue',cex=1.5,pch=20) ) plotsave(p) plotsave(p,file='test2.png',width= 15,height= 15,units= 'cm') plotsave(p,file='test2.pdf',width = 150, height = 150, units = 'mm') 3.2 用{}让myplot更加便捷将所有的代码放在{}里面，可以平时一样换行写代码，而且不影响实时调试代码。 # {}让myplot更加便捷 library(myplot) set.seed(1) x=rnorm(100) y=x*5+rnorm(100) p=myplot({ plot(x,y,pch=20) lm=lm(y~x) abline(lm,col='red') points(x[1:5],y[1:5],col='blue',cex=1.5,pch=20) }) plotsave(p) plotsave(p,file='test3.png',width= 15,height= 15,units= 'cm') plotsave(p,file='test3.pdf',width = 150, height = 150, units = 'mm') 4 安装 myplot 包CRAN上现在还没有myplot包，可以通过github安装，代码如下： library(devtools) install_github('kumine/myplot') 如果github安装不了，在百度网盘下载安装包https://pan.baidu.com/s/1qP7UyjVUbZhYVZwgx4MHJA 提取码：qujq 下载后安装代码如下 #windows setwd('download path') install.packages('myplot_1.0.zip',repos=NULL) #linux setwd('download path') install.packages('myplot_1.0.tar.gz',repos=NULL) · 源代码： https://github.com/kumine/myplot 5 总结· R基础包图形保存函数的缺点 – 分散的，非集成化的 – 要同时保存两种格式，往往需要再复制一次代码；一旦修改，要修改两个地方 – 句柄打开和关闭（dev.off）需要一一对应，一旦不对应有可能出错 · myplot的优点 – 具有ggsave所有的优点，集成化的便捷的优雅的保存图片 – 零成本迁移到myplot,只需要将你的画图代码复制到myplot({})里面即可。 总之，myplot包可以像ggsave一样优雅地保存R基础图形，可以大大提高R语言保存图形的效率和生产力。 多生信分析需求，请加微信13621202201 |
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