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连nature子刊的idea都是来自于这个网站,你还不先睹为快

 小梦想在努力 2019-04-02

在今天头条文章《连发两篇子刊,健康所的这位教授厉害了》中,钱友存教授发表的第一篇文章中,

特意提到了一个重要的生物信息学网站,这是该篇文章得以发表的重要推力,今天我们一起来见见这个神奇的网站——iLIR web server。

iLIR web server网站是一个预测自噬的网站,由塞浦路斯共和国科学家Vasilis J Promponas于2014年设计出来的,该网站主要是根据蛋白序列中是否具有LIR motif(LC3结合区域)来预测该蛋白能否介导自噬,话不多说,下面直接进入实战环节。

首先进入iLIR web server网站,网址为http://repeat.biol./iLIR/。

在主页中我们可以看到提交预测蛋白一栏(submit a job),点击进入。

在输入栏中,可以输入想预测蛋白的序列,注意为FASTA格式,以预测NLRX1是否具有LIR区域为例。首先进入UniProt网站查询NLRX1的蛋白序列。

将获得的FASTA格式蛋白序列输入iLIR网站中。

点击提交SUBMIT,可以看到经过该网站分析,NLRX1蛋白序列上含有一个LIR区域,该区域的序列为EEFQLL,是NLRX1蛋白序列上的第461位到466位氨基酸序列,

这样就能简单轻松的重复出nature子刊文章中的结果了,是不是很方便。

看到这儿你以为就完了,那你把这个网站想的太简单了,除了能够预测一个特定蛋白是否具有LIR区域,该网站还提供了一些课题思路,在Examples栏目中,网站提供了很多预测的含有LIR区域的蛋白,如果再结合预测蛋白相互作用的网站交叉使用,那妥妥的就是一堆课题了。

不仅能提供自噬相关的课题思路,还能提供众多idea,如此好用的网站,还不快试试吗?

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