写在写在前面的前面我不喜欢调用外部程序，如果是简单的事情。我觉得应该用最简单的方式来实现。如果你只是想画一个简单的Circos图，perl？不用的。R？不用的。网页？不用的。复杂的配置文件？一样不用的。
你只需要一个体积为 4,000KB+ 的 TBtools。 
写在前面当矩形无法满足你的时候，那么就掰弯他。
为了在一个中午的时间内写一个所有人都可以秒速掌握的Circos图绘制工具，事实上，我早已做好准备。详细可见公众号的历史消息。
前期的准备，大体包括： JIGplot中SubPanel的掰弯 文本在笛卡尔坐标系中的重叠以及在极坐标系中的重叠处理（用了很长时间，想明白一个简答的处理方式） 一个绘制Circos的需求
三者兼备，于是在前两天学院每周一停电的中午，我就写出了这个工具。工具是写完了，然而能让这个工具实现价值的数据，目前还在难产。我更新到社区，嗯。。。大体收获了几个图，但目前似乎并没有让我惊艳的。
索性，就写上一贴。我想试试看， 是否有可能让Circos图，正如基因家族分析一样，变得任何人都轻易掌握和完成？。进入主题TBtools的所有工具，面向的都是绝对的生物学背景，所以每一个输入格式的考量，都会尽可能地考虑到容易获得或者容易整理。接下来逐点说明输入文件格式，同时，给出一个所有人必然能直接重复出来的结果。 TBtools的Circos工具主界面如下 
接下来逐点说明输入
1.必须骨架文件，比如染色体长度文件，格式为，注意文本文件，制表符分隔
可选文件，比如基因展示在染色体的圈图上，格式为，最后一列的颜色R,G,B值是可选的
3.可选文件，比如展示一些区域之间的关联关系，如共线性基因或者大片段区域，如，颜色是可选的，开始是#号的行，会被忽略
点击Add就可以增加Track，Track你是可以随意增加，任何数目，直到你开心。点击一次，出现一个Track的配置信息，
4.一个Track要对应一个文件（一个文件可以用多次，在不同的Track）
Track的类型有四种 前三种Track的输入数据很简单，区域带上一个值 
Tile的输入数据有所不同，最后一列不是值，而是一个RGB字符串，如 
多选框，设置Track的类型 主要是针对Tile以外的Track，设置无重叠滑窗之后汇总信息的模式，比如Sum，就是将一个区域的所有值加和，Mean就是取平均 设置滑窗的宽度，一般是10 000
其他四个摁钮，点击就是设置一些颜色
注意One Color Two Color Three Color 中
而One Color 对于除Tile外的所有Track的颜色生效
另外两个Color 只对热图生效，用于生成热阶 写的太多，不如一个示例操作 示例下面的示例只以拟南芥的基因组展开，而我并没有说，只能是一个基因组，或者只能是基因组信息。工具如何使用，是看个人，不是看开发者。 1.打开TBtools
2. 准备一个染色体长度文件这是一个骨架，事实上，你可以自己编一个。这里我们假设，手上只有拟南芥的基因组序列，使用TBtools的Fasta Stater 
拖进来基因组序列，设置输出文件，点击开始 
用Excel打开，整理得到对应的每条染色体的长度信息
3. 准备一些track文件假设我们手上也有拟南芥的基因注释结果（.gff3）文件，那么我们可以看下拟南芥的基因密度
用TBtools的表格操作工具（或者Excel也可以）
使用Excel打开输出文件，只保留着四列
增加一列，全部标记为 1
有了以上两个信息，其实我们就可以做很多东西了，比如展示基因密度，首先是打开TBtools的Super Circos
设置输入文件
然后点击“Show My Circos Plot”，得到一个结果
这个没啥用，因为根本没显示任何东西，我们刚才是对每一个基因写了1，所以最终binning的结果，是Mean，并没有意义
修改一下
于是基因密度的线图就出来了
线图不够炫酷，我们画个柱形图
这个BInSize也放大一些
恩，柱形图也不好看，要不就画热图
看起来就像模像样的，当然颜色可以随便调
事实上，很多Track是可以组合的，比如
也可以是堆叠在一起
正负链放在一起还是比较丑的，事实上，你可以按照正负链分开，然后画成两个Track，这里就不展示了。
4. 展示一些有关联的区域比如共线性的一些基因，你通过各种方式得到基因对
那么可以在TBtools的帮助下，获得LinkedRegion信息，
首先是获取所有基因的位置信息
设置输入的gff3文件，并设置两个输出文件
随后只保留部分的列，
整理成Chr GeneID StartPos EndPos 格式
另存为文本制表符分隔
打开TBtools一个不错的工具，将基因对信息，直接转换为LinkedRegion信息
终于，我们得到这个文件
于是可以导入TBtools作为linkedInfo
于是Linked信息就展示出来了，虽然似乎没什么用
一般你准备这些数据的过程中，有些linkedRegion是需要高亮的，比如一些基因对，那么可以在对应的lInkedInfo后面加颜色信息
保存文本文件，重新点击Show My Circos Plot就可以了
配色是一个重要的问题....
这里只展示功能就不调了，有时候，你想要展示的是一个大的region
5.展示一些文本标签上去比如拟南芥的ARF基因家族....
然后我们保存一个文本文件，丢给TBtools就可以了
恩，都是黑色的，不太好看，所以我们在后面加一些颜色
比如我们顺便改一下ID的标签
于是颜色也修改了，。。配色看个人，不纠结
你以为这样就完了，肯定不是！
看到
点击这个弹出一些控制参数
这么多参数，你自己体会，这里就大概操作一下，搞的这张图好像还可以看一样，比如文本要移动出去
5.展示一些区域的注释你真的以为这样就结束了吗？当然不是！
你还可以配置一个文件，对region进行注释，假设有QTL的区间对吗？我来伪装一个给你
也就是最后一列不再是数值，直接是颜色，然后...导入啊
然后你用面板的参数调整，按照参数，你应该会得到这么一张图
6.似乎完了你不会真的以为这样就结束了？！当然不是啊。
还有JIGplot啊，不要忘了，这个图是交互的啊
我鼠标拖以下，标签就出来了
我右键一下，还可以改颜色啊
7.当然还有，但是我不想写了....事实上，基因密度什么的，你可以换成表达量？，GC含量等等，这些需要自己折腾了。 可能有人最关心的问题是，图片导出
写在最后很多时候，看起来简单的，或许很复杂；反之亦然。
Circos是一个Perl软件，可以画出极其复杂而炫酷的图片。这个我可能暂时不会去追求（如果真的去追求那个，那么我肯定是要发CNS了吧...）
很多时候，很多生信分析，或者说图形绘制，大多数人的需求是比较简单的。正如perl的哲学一样，可以很快速而方便地完成简单的事情，而复杂的事情，努力一下，也不是不可以。
做生物学问题的朋友，其实并不可能有足够的时间掌握各种工具，尤其是跟命令行操作相关的。即使使用Perl Circos绘制了一个图，那下次呢？复杂的配置文件逻辑，不得不说太过麻烦。
Anyway，以上都是胡扯。
我只是想说，
画一个图，可能比较简单，写一个工具会比较麻烦，打一个GUI很 痛苦，而做一个所有人都能上手用的工具，。。。。 正如Horticulture Research主编程老师所说，既然你做了，那么就发表出来。
Done！ 祝你们科研顺利，这个工具的使用，暂时不会回复任何使用问题，因为我已经写得很稳健了，按照这篇推文操作，不会有问题！
如果有问题，确实需要得到回复。欢迎大额支持我们课题组成员的户外扩展活动。
详细请访问课题组网站 http://xialab./
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