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企业级的NGS在线分析系统解决方案应该怎么设计?

 生物_医药_科研 2019-04-04
  1. NGS数据压缩和传输

  2. bcl2fastq

  3. fastq QC

  4. fastq->vcf在线运行

  5. 样本管理,支持proband-only、trio、大家系样本信息录入

  6. 样本进度(提取、建库、测序、数据下机、分析、报告解读…)

  7. 在线画家系图工具

  8. vcf自由组合筛选规则在线筛选

  9. 多个点突变数据库自动注释(dbSNP、clinvar、HGMD、ExAC、gnomad…)

  10. 疾病和表型数据库及表型筛选(OMIM、HPO..)

  11. 基于WES的CNV分析结果(多倍体、UPD、CNN-LOH、CNV、嵌合体)

  12. CNV数据库辅助解读

  13. 实时显示已记录进系统的样本的 突变的突变型基因频率

  14. bam文件可视化(cytoband、标尺、reads pileup图,wig峰图)

  15. GA4GH REST API

  16. reads search,variant search,json parser

  17. igv.js可视化

  18. 报告在线编辑

  19. ACMG突变自动评级

  20. 生成排版好的pdf报告

  21. 已完成病例检索(基于表型,基于名称,基于日期,基于基因,基于突变)

  22. 一代测序在线分析(支持上传ab1格式数据分析)

  23. 工业标准化的NIPT(含无创单基因病)、CNVseq、WGS、WES肿瘤辅助用药、ctDNA,16s-rRNA,RNAseq等临床NGS数据分析支持

  24. 本地化的靶向用药数据库和 微生物分类数据库

  25. 可选的fastq->vcf 加速分析方案(通用计算平台计算和GPU/FPGA加速)

  26. 在线引物设计(根据给定位点自动选引物),可获取指定基因的序列或指定基因的指定外显子序列

  27. bam可视化(基于igv.js)与一代测序结果对齐

  28. 支持规模化数据量和平台扩容,高并发访问请求支持

  29. 位点与疾病关联注释和审核权限设置

  30. 疾病分类索引

  31. 在线局部、全局比对、pair wise比对

  32. 样本间亲缘关系分析、样本性别分析、祖源分析

  33. 指定疾病/表型,寻找样本相对于其他样本显著差异的最小突变集合

  34. 公有云支持

  35. 芯片数据分析支持(复杂疾病风险、个人特质、药物敏感性、营养代谢、耐力与爆发力、遗传疾病携带)

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