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解螺旋公众号·陪伴你科研的第1807天 miRNA才是科研的新手之友。 MicroRNA研究是一直国内外研究的热点领域，每年都有大量的microRNA相关文章发表或相关基金申请，而microRNA功能研究最重要的是其靶基因的确认，荷叶今天给大家介绍一些常见的microRNA靶基因预测工具。 1 TargetScan 网址：新版 http://www./vert_72/ 老版 http://www./mamm_31/ TargetScan用起来很简单方便，输入基因名能查出某个基因3’UTR可能的作用多个microRNA。最新版的TargetScan还人性化的列出目前发现的多种3’UTR。输入microRNA名则能查出某个microRNA可能作用的多种靶基因。 图1 TargetScan网站中查找目标基因的候选miRNA 图2 TargetScan网站中查找目标miRNA的候选靶基因 2 miRcode 网址： http://www./index.php miRcode与TargetScan相比，主要增加了ncRNA和非3’UTR区的检索。 图3 miRcode miRNA靶基因预测包括ncRNA 3 miRDB 网址： http://www./cgi-bin/search.cgi miRDB比TargetScan功能更多，除了检索3’UTR区外，还能搜索编码区和5’UTR区，以及对给定序列进行匹配。 图4 miRDB预测靶基因或查找候选miRNA 图5 miRDB能对给定序列或非3’UTR进行筛选 4 RNA22 网址：https://cm./data-tools-downloads/rna22-full-sets-of-predictions/ RNA22与miRDB类似，能预测miRNA的靶基因，预测mRNA、LincRNA、LncRNA的候选作用miRNA（RNA22 visualization tool ）。此外，其在线预测特定基因序列和特定miRNA序列的作用位点的功能强大（RNA22 dynamic prediction tool）。 图6 RNA22预测miRNA靶基因 图7 RNA22预测miRNA和特定候选序列的结合位点 5 其他预测工具 网址：http://www./microrna/home.do PicTar 网址：https://pictar./ PITA 网址：https://genie./pubs/mir07/mir07_dyn_data.html 6 基于实验数据的miRNA-靶基因库 starBase 网址：http://starbase./ starBase收集了基于Ago-Seq数据的miRNA与mRNA、多种ncRNA的相互作用结果。很有意义的是以散点图和直方图绘制来了多种肿瘤中miRNA与靶基因的表达水平。 图8 starBase数据库 图9 starBase分析了miRNA和靶基因在肿瘤中的表达 miRTarBase 网址：http://mirtarbase.mbc./php/index.php
图10 miRTarBase收录已检测过的miR-Target数据 TarBase 网址： http://carolina.imis./diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex/
图11 TarBase数据库 这些数据库收录各种手段检测过的miR-Target数据，研究者可以查看靶基因是否已经被研究过或者研究的程度等等。 MiRNA靶基因预测常需要多种预测工具，希望荷叶介绍的工具对你做米RNA研究有所帮助。  相关文章
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