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分子生物学必备的软件 SnapGene Viewer是一款专业的质粒图谱绘制软件，可以用来绘制质粒图谱，并创建、浏览、注释以及分享DNA序列文件。这个软件有Windows、MacOS、以及Linux版本，最新的Windows版本是SnapGene Viewer 4.3.7。 SnapGene Viewer的主要功能： （一）可视化 1、创建一个DNA序列文件，要么输入一个序列，要么从GenBank中导入一个记录，或者打开一个以常见文件格式存储的注释序列； 2、使用可定制的序列、酶、特征、引物和历史视图浏览或打印DNA序列及其注释； 3、搜索匹配的DNA序列； 4、查看和编辑DNA序列及跟踪； （二）注释 1、自动注释公共特性，或者手动注释编码序列和其它特性。 2、设计、注释引物进行PCR、测序或者诱变。 3、确定的开放阅读框（ORF）。 （三）分享 1、将质粒结构导出为图像，或者导出注释后的DNA序列到GenBank格式。 2、使用普遍可访问的snapgene格式自由分享数据。 通常从GenBank网站：（https://www.ncbi.nlm./genbank/）下载基因和蛋白序列。 （一）获取DNA序列 打开GenBank网站，选择“Gene”，在输入框中输入基因名称，比如CSPP1，点击“Search”，界面如下。 跳转到如下搜索结果界面。 点击想要查看的基因，出现如下界面。 继续向下滑动界面，会出现转录本的图谱，如下图所示。 点击“GenBank”选项，会出现DNA序列，如下图所示。 点击“Send to”后面的三角按键，选着“File”，点击“Create File”，如下图所示。 会出现下载对话框，如下图所示。 编辑文件名称并且选择下载地址，点击“下载”，既可以下载DNA序列。 若想查看启动子序列，可以通过增长下图红框中的“Selected region”，点击“Update View”增长显示的序列，用上述方法下载增长的序列。
由于基因可能是正向的，也可能是反向的，查看启动子序列需要增长已显示序列两端的序列，即把上图前面红框中的数字变小，后面红框中的数字变大。 （二）获取RNA的编码序列 如上所述，打开基因信息界面，出现转录本的图谱后继续向下滑动界面，找到“NCBI Reference Sequences”介绍项，如下图所示。
点击想要查看的转录本的编号（如上图中的红框所示），会出现转录本的序列，如下图所示。
标成红色的是编码序列，红色序列前面的是5′UT序列，红色序列后面的是3′UTR和poly A序列。可以用已介绍的方法下载转录本的序列。 （三）获取蛋白序列 如上所述，找到“NCBI Reference Sequences”介绍项，点击想要查看的蛋白的编号，如下图中的红框所示。
会出现蛋白的序列，如下图所示。
可以用已介绍的方法下载蛋白序列。 获取蛋白序列的另一种方法是打开GenBank网站，选择“Protein”，在输入框中输入蛋白名称，比如CSPP1，点击“Search”，界面如下。
会出现如下界面。
点击想要查看的蛋白，例如“centrosome and spindle pole-associated protein 1 isoform 1 [Homo sapiens]”，会出现相应的蛋白序列，如下图所示。
虽然在Genbank网站能够看到基因和蛋白的序列，但是用SnapGene Viewer软件打开上述下载的文件能够更直观的看到各种信息。 上述下载的基因序列文件是Genbank DNA文件（后缀是gb），上述下载的蛋白序列文件是GenPept Protein文件（后缀是gp），如下图所示。
（一）查看DNA序列 用SnapGene Viewer软件打开DNA序列文件可以看到外显子和内含子的示意图，如下图所示。
点击左下角的“Sequence”，即可以查看DNA序列。
显示的DNA序列如下图所示。
SnapGene Viewer软件会显示DNA序列在相应染色体中的位置。 用SnapGene Viewer软件打开包括基因侧翼序列的文件，可以查看启动子序列，如下图所示。
（二）查看RNA编码序列 用SnapGene Viewer软件打开RNA编码序列文件，处出现RNA示意图，如下图所示。
把光标放在某一个外显子的图标上，会显示该外显子的起始位置和长度，如下图所示。
把光标放在蛋白的图标上，会显示蛋白编码序列的起始位置和长度，蛋白的长度和分子量，以及其它信息，如下图所示。
选中一段序列会在左上角显示该序列的起始位置及长度、GC含量，如下图所示
用这种方法可以查看3′UTR的长度，如下图所示。
有些mRNA的序列包括poly A序列，如下图红框所示。
打开下载的miRNA的序列，可以看到pre-miRNA和成熟miRNA的序列，下图绿色图标标出的是成熟miRNA的序列。
（三）添加图标和引物 可以使用SnapGene Viewer软件在序列中添加图标和引物。 选中需要添加图标的序列，点击上方的“Feature”，选择“Add Feature”，会出现如下对话框。
在对话框中输入名称，点击“misc_ feature”选择图标类型，点击“OK”，即完成添加图标。下图是添加“3′UTR”图标后的文件。
点击“Primers”，选择“Add Primer”会出现如下对话框。
在对话框中输入引物名称和引物序列，点击右下角的 “Add Primer to Template”，即完成添加引物。下图是添加引物后的文件。
选中两个反向相反的引物，会显示PCR产物的起始位置和长度，如下图所示。
（四）查看蛋白码序列 用SnapGene Viewer软件打开蛋白序列文件，会出现蛋白的结构示意图和基本信息，如下图所示。
点击左下角的“Sequence”，会显示蛋白的序列，如下图所示。
SnapGene Viewer软件还有很多功能，这里不一一介绍。 END |
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