perl模块也是生物信息分析中经常需要配置的东西，尽管很多人觉得python很流行，但是依然有大量的生物软件依赖于perl模块，如果配置不正确就无法运行，典型的就是circos，里面调用大量perl的模块，缺少任何一个都无法运行。因此配置perl模块是很重要的一项工作。
Can't locate XXX.pm
如果遇到这种错误，就是缺少相应的perl模块，导致软件无法运行。perl模块一般安装到以下目录中，如果所有的目录都没有，就会提示找不到。 perl -e 'print join '\n',@INC;'
yum安装
因为perl模块是Linux世界中非常重要的组成部分，因此centos或者ubuntu默认的软件源中都会内置大量perl的模块，采用这种方式安装是最好的方式，因为来自软件源里的内容都会安装成功，并且自动解决好依赖。首推这种方式。
这里是circos必须的模块。 Carp
Clone
Config::General
Cwd
Data::Dumper
Digest::MD5
File::Basename
File::Spec::Functions
File::Temp
FindBin
Font::TTF::Font
GD
GD::Image
Getopt::Long
IO::File
List::MoreUtils
List::Util
Math::Round
Math::Trig
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
POSIX
Readonly
Regexp::Common
Statistics::Basic
Storable
Sys::Hostname
Text::Balanced
Text::Format
Time::HiRes
1、首先，利用yum search进行搜索，例如 yum search Config::General
2、找到对应的模块，使用安装即可。 yum install -y perl-Config-General.noarch
cpanm安装
但是并不是所有的perl模块都在yum的软件源里，很多依然无法使用yum来安装。以前有cpan工具来安装，不过现在又有了更加好用的cpanm工具来管理perl的模块。
1、首先安装cpanm工具 yum search cpanm
yum install -y perl-App-cpanminus.noarch
2、利用cpanm进行安装，由于cpanm默认将模块安装到每个用户的家目录下，这样如果使用root来安装，安装到/root目录下其他用户无法使用，因此，需要单独指定安装目录。 cpanm --help
cpanm --mirror https://mirrors.163.com/cpan --prompt -l /usr/share/perl5 Carp Clone Config::General Cwd SVG Data::Dumper Digest::MD5 File::Basename File::Spec::Functions File::Temp Font::TTF::Font GD GD::Image Getopt::Long IO::File List::MoreUtils List::Util Math::VecStat Memoize Math::Bezier Set::IntSpan Params::Validate Pod::Usage POSIX Readonly Regexp::Common Storable Sys::Hostname Text::Balanced Text::Format Time::HiRes IO::String IO::Scalar YAML PerlIO parent XML::Parser FindBin Math::Round Getopt::Long XML::NamespaceSupport XML::SAX::Base XML::SAX XML::Quote XML::Simple PerlIO::gzip URI::Escape Mail::Send Date::Format
如果安装完依然找不到模块，因为cpanm会在创建bin，lib，man三个目录，lib有包含一个perl5目录，这就需要将路径添加到PERL5LIB变量中。 export PERL5LIB=/usr/share/perl5/lib/perl5:$PERL5LIB
一步到位
如果你为了省事，那么可以运行以下代码，一步到位。 yum search perl- #搜索所有软件源里的perl模块
yum install -y perl-* #安装所有软件源里的perl模块
---------- END ----------
|
