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这一步我也是走了很多弯路啊，之前没有去掉引物和barcode，所以跑程序经常断掉。 我还在论坛发了一个帖子询问
https://forum./t/self-consistency-loop-terminated-before-convergence-an-error-was-encountered-while-running-dada2-in-r-return-code-1/3532/9 当时我的错误是 Self-consistency loop terminated before convergence.An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1)
Exception: An error was encountered while running DADA2 in R (return code 1), please inspect stdout and stderr to learn more.
这里面涉及到还有其他很多问题，当然这只是其中一个，论坛上的人非常Nice 。
这里主要讨论如何去引物和Barcode。
说到barcode 建议看一下洲更的一篇专门介绍Barcode的文章，有什么index 和inline之分。 官方网站提供了说明文档，介绍如何去除barcode
https://docs./2018.2/plugins/available/cutadapt/?highlight=cutadapter
分双端和单端测序的 我这里发现我的所有样品的引物都是一样的，我感觉我切了引物，那么barcode 也是切掉了。 那么我就来切引物
说明是这样的
太长了，屏幕无法截屏
自己看文档吧
https://docs./2018.2/plugins/available/cutadapt/trim-paired/
主要要搞清楚 是在3'端还是5'端来选择参数 这是我的设置 qiime cutadapt trim-paired --i-demultiplexed-sequences paired-end-demux.qza --p-cores 8 --p-front-f CCTACGGGNGGCWG --p-front-r GACTACHVGGGTATCTAATCCY --o-trimmed-sequences trimmed-seqs.qza --verbose
如果对自己的数据很熟悉，那么做起来会快很多。
然后观察一下 我们可以来看一下summary qiime demux summarize \ --i-data paired-end-demux.qza \ --o-visualization paired-end-demux.qzv
qiime demux summarize \ --i-data trimmed-seqs.qza \ --o-visualization trimmed-seqs.qzv
这一步是qiime2 生成可视化数据的一步 qiime tools view paired-end-demux.qzv
qiime tools view trimmed-seqs.qzv
切之前 
切之后 前面确实被切掉了 这是一种切的方法，当然，在不合并前也可以切，或者在其他阶段切引物都可以。
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