 组织活检是肿瘤诊断的金标准，常被用于指导肿瘤的治疗决策。液体活检，特别是使用血浆游离DNA/RNA（cfDNA/cfRNA）进行的微创检测，正迅速成为标准肿瘤活检的重要辅助手段。今天我们介绍一篇意大利IRCCS San Raffaele Scientific Institute发表在《Lung Cancer》（IF 4.599）上的文章。该研究基于赛默飞的Ion Torrent Genestudio S5平台，使用赛默飞Oncomine™ Lung cfDNA Assay进行血浆ctDNA的检测，检测结果与real-time PCR和ddPCR进行比对，分析了NGS检测ctDNA在非小细胞肺癌（NSCLC）治疗方案制定和耐药监测方面的重要意义及其在临床应用方面的优势。 该研究选择100例晚期肺癌患者（分别来自三个不同的医学中心），分为两个队列：队列1入组了50例肿瘤组织检测EGFR突变阳性的NSCLC患者，一代/二代EGFR TKI治疗后疾病进展。该组患者留存肿瘤组织DNA（ttDNA，确诊EGFR突变），和TKI治疗后疾病进展期的ctDNA。队列2入组了50例新诊断的晚期肺癌患者，该组患者无法获得肿瘤活检组织，只有ctDNA可供进行基因检测。队列1（图1）和队列2（图2）的入组患者信息如下图： 图1  图2  该研究中，100例入组患者ctDNA 的EGFR突变采用的标准检测方法有：使用Easy EGFR Kit CE IVD (Diatech Pharmacogenetics) 和AmoyDx – EGFR 29 Mutations Detection Kit (Amoy Diagnostics)同步进行EGFR突变检测；EGFR T790M通过数字PCR进行检测。此外，MET扩增采用FISH方法进行检测。ctDNA的NGS检测方法是采用赛默飞的Oncomine™ Lung cfDNA Assay，基于Ion Torrent Genestudio S5进行的，样本起始量20 ng，检测11个基因（ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KRAS、MAP2K1、MET、NRAS、PIK3CA、ROS1和TP53）的160种突变，可以检测低至0.1%的基因突变。  队列1中的患者检测结果分析显示，50位入组患者中，使用赛默飞Oncomine™ Lung cfDNA Assay进行疾病进展患者ctDNA NGS检测，49例患者样本通过质控，该试剂盒的检测成功率达到了98%，实际的周转时间是4个工作日。同时，上述49例患者中，45例患者的ctDNA EGFR突变情况与ttDNA相符，整体一致率高达92%，高于标准方法检测的匹配度（84%），且准确度高达100%（如上图所示）。此外，ctDNA检测结果分析表明，使用该赛默飞试剂盒检测的结果与标准方法相比，49个样本中有43个样本的检测结果一致，一致率达到88%；EGFR T790M检测的一致率达到94%。 该研究同时也分析了队列1和队列2入组患者的体细胞突变热图（如下图所示），队列2入组的50位晚期肺癌患者中，有8个患者用标准方法检测到ctDNA中的EGFR激活突变，使用赛默飞Oncomine™ Lung cfDNA Assay也检测到了相同的EGFR突变，一致性100%，8例患者中有7例患者服用了吉非替尼进行治疗，病情都达到了部分缓解（PR）。   该研究的目的之一，是在分子诊断实验室中形成一套高性价比的、可重复的、稳定的ctDNA检测方法。 该研究最终的结论是，赛默飞Oncomine™ Lung cfDNA Assay从收到血液样本到出具报告只需要4天的时间，赛默飞提供的整体解决方案，包括试剂盒、生信分析软件和分析流程使得该试剂盒的测序数据更适合在分子诊断实验室中进行评估及注释分析。 结 语 针对目前肿瘤临床精准检测的需求，赛默飞提供了完整的肿瘤检测解决方案，覆盖实体瘤、液体活检、血液肿瘤和免疫治疗等多个领域，从仪器平台、试剂盒、生信分析、报告系统等多维度为客户提供全面的解决方案。  Oncomine™ Cell-Free Nucleic Acid (cfNA)Research Assay Oncomine™ Cell-Free Nucleic Acid (cfNA)Research Assay是高灵敏度的多生物标志物下一代测序(NGS)检测，可为评估和检测肿瘤相关的主要驱动及抑制突变带来分子层面的见解。其极高价值的基因清单包含由OncoNetwork委员会及世界范围内其他临床研究者筛选的重要突变。 我们的专利技术基于多重PCR，可与Ion Torrent™测序技术相结合，助力广大研究者开发各种检测方法，进而可能对未来的治疗选择、治疗监控以及复发监控产生影响。 主要优势 ◾ 两天的工作流程—从血液样本到变异数据的完整NGS研究流程仅需两天即可完成 ◾ 优化的检测内容—SNVs、indels、CNVs以及融合基因，实现多种生物标志物的分析 ◾ 灵活的起始用量—一管血液即可获取相应所需结果 ◾ 更低的检测下限—NGS靶向测序产品可检测低至0.1%的变异 覆盖的基因内容   如何get 惊喜好礼 |
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