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我在之前的《Origin也可以方便绘制火山图》一文介绍过使用Origin绘制火山图（如下图），因为它支持“长型”数据，很容易将点的颜色与分组数据建立映射关系。 那么只支持“宽型”数据的Graphpad Prism能不能绘制火山图呢？ 我的印象中， Graphpad Prism的8种数据格式似乎都不适合画火山图。于是我先决定看看Graphpad Prism的官方范例中有没有火山图。最终还是找到了，如下：   “Are you kidding me? ” 这也配叫火山图？我脑海里浮现出下面的“凤凰傲意”图，嗯，苍劲的笔法，恰到好处的留白，寥寥数笔展示出了“神鸟凤凰”的吃米神韵！  Prism可能真的不能画火山图！在快要放弃的时候，忽然想到Prism做生存分析的表格结构可以一试，如下，结果还真可以绘制分组散点图！  下面，就开始看下Prism能不能画出包含4.7万个散点的火山图吧。 数据准备 首先，在Excel中将数据整理成上图这样的格式。为了便于比较，本文依旧使用《Origin也可以方便绘制火山图》一文的范例数据。  打开软件后，通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件。在弹出的向导窗口选择表格类型为XY，X、Y数据的设置如下图：  然后，除去gene id这一列，将其他4列数据粘贴到Prism的表格中，如下：  接下来需要对up、ns、down这3列的FDR值进行取对数。点Analyze按钮，选择Transform，对数据进行标准化，步骤如下：  计算公式选择内建的“Y=-1*log(Y)”，点OK按钮即可完成计算，方法如下：  计算结果如下：  图表调整 表格数据计算完成后，其实图表也基本上完成了，只需点左侧导航栏中Graphs菜单下的Transform of Data 1，即可看到初始绘制结果，见下图： 接着双击横坐标轴，设置刻度范围为[-16,16]，在Frame and Origin选项卡下将Shape由默认的Wide改为Square（方形），还可修改坐标轴的“包围”方式，如下图： 接着双击“散点”，先选择Change All data sets，然后将shape改为实心的圆，Size改为1。 再将up、ns、down这3个data set的散点分别改为不同的颜色，如下： 同时在DataSets on Graph选项下，改变三组“点”的图层顺序，如下图，这里将灰色的点置于底层。 除此之外，Prism还可以对图上的点进行整体平移，方法如下。这样可以避免纵坐标为0的点全部落在x轴上。当然你也可以通过其他的方法解决这一难题，比如给所有的Y值加一个较小的值，或者将Y轴的原点设为一个接近0 的负值等。但不可否认，Prism的这个功能实在太赞了！ 双击坐标轴或刻度标签还可以在指定的位置添加辅助线，如下，这里x轴的-1和1处添加两条辅助线（如下），也可在y轴的1.3（注：1.301=log10(0.05)*-1）处添加一条水平的辅助线。 点右侧的Details下的“…”按钮，可对辅助线的样式进行更自由的调整，如下： 最终的效果如下： 图表导出 通过File\Export Graph 导出所需格式的图片，如下图，前5种是矢量图格式，无需设置dpi。最后，建议通过File\Save保存工程文件，以便反复调整。 今天的内容就先到这里啦！ |
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