 有许多小伙伴表示： 一直用TCGA，就是不会分析，这个很好用的。要是有更多这样的分析工具就好了！ 没错，没有计算机基础不会R，做分析是很麻烦的。虽然有很多分析公司，但有些简单实在是没有必要找公司做，这些时候这些在线分析工具就非常好用了。 因此，小编搜集整合了网络资料和其明信息内部培训资料，给大家总结有哪些TCGA数据在线分析工具！ TCGA数据与下载 TCGA中每个文件都含有很多标识符（ID），这里罗列几个常用的进行简单介绍：  TCGA中的每种癌症类型都包括体细胞突变、拷贝数基因表达、miRNA表达、DNA甲基化、逆转蛋白相位阵列（RPPA）和临床信息。我们只能选择公开以及可用的数据进行下载  在线分析工具推荐 进入TCGA之后，你可以通过GDC Data Transfer Tool进行下载，也可以通过以下介绍的TCGA在线分析工具进行下载：  上表中的工具分类： 全局分析工具：能够检查癌症基因组的整体特征，Ⅰ类仅提供全局分析，Ⅱ类提供除全局分析之外的选定目标分析； 目标分析工具：是研究人员最常使用的基于网络的公共工具，可以深入分析具体的基因或基因集，甚至miRNA等研究对象，方便使用者调查癌症数据中自己感兴趣的目标； 辅助分析工具：可以将TCGA数据转换为易于访问、浏览和下载的在线资源。这些数据可以帮助用户补充实验结果或提供额外的证据和解释，帮助研究人员更全面地分析自己的研究和促进生物学发现。 突变分析 有10种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer3D 、cbioportal 、CELLX 、IntOGen 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA4U 、UCSC Xena 、Vanno ）可以进行突变分析。 一般来说，推荐使用cbioportal，因其包含多种癌症类型和多种可视化分析功能，功能强且易于使用。 2 相关性分析 有17种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GDISC 、GEPIA 、MethHC 、MEXPRESS 、OASISPRO 、Regulome Explorer 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA NG-CHM 、TCPA 、Wanderer 、Zodiac ）可以进行相关性分析。 总的来说，推荐使用麻省理工和哈佛大学Broad研究所研发的Broad GDAC Fire-hose，因其有多种分析算法供用户使用，功能全面，且包含多种分析工具。 3 差异分析 有12种在线工具（Broad GDAC Firehose 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GEPIA 、MEXPRESS 、OncoScape 、TANRIC 、TCGA4U 、TCPA 、UALCAN 、Wanderer）可以进行差异分析。 一般推荐使用分析基因表达谱的工具GEPIA。差异分析是该工具的主要分析功能，其在线分析界面简单易懂，非常易于理解和使用。 4 通路分析 有8种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、MethHC 、OncoScape 、PathwayMapper 、Regulome Explorer 、TCGA NG-CHM）可以进行通路分析。 推荐使用Broad GDAC Firehose和OncoScape，前者分析方法丰富，后者简单直观。 5 生存分析 有16种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、canEvolve 、cbioportal 、CELLX 、GDISC 、GEPIA 、KMplotter 、OASISPRO 、PROGgeneV2 、TANRIC 、TCGA Clinical Explorer 、TCGA4U 、TCPA 、UALCAN 、UCSC Xena）可以进行生存分析。 6 泛癌分析 有8种在线工具（Broad GDAC Firehose 、Cancer Landscapes 、cbioportal 、IntOGen 、Regulome Explorer 、TCGA NG-CHM 、UCSC Xena 、Zodiac）可以进行泛癌症分析（pan-cancer analysis）。 一般推荐使用cbioportal和Cancer Landscapes，前者收集了来自泛癌研究的大量样本且拥有强大的分析能力；后者的癌症图谱模型中包含了泛癌模型，可以直接用于分析。 本期推荐的工具比较多，各位可以按需取用。 喜欢本文的话，别忘记转发分享给更多的人哦~ 来源： |
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