差异分析结果展示-火山图

差异表达分析是我们生信科研分析的常规分析，而火山图是展示差异表达分析结果最直观的方式,下面小编给大家展示一下用R画火山图的方法

####ggplot画火山图####

首先读入差异表达分析的结果

###########差异分析结果
diff_AML<-read.table('edgerAML.xls',sep='\t',quote='',header= T)
head(diff_AML)

然后，自定义显著差异表达和非显著差异表达的基因，在这里FDR<0.05的基因为显著差异表达的基因,logFC>2为上调的基因，logFC<2的为下调的基因

###########差异分析结果筛选
diff_AML$threshold = as.factor(ifelse(diff_AML$FDR < 0.05 &abs(diff_AML$logFC) >= 2, ifelse(diff_AML$logFC> 2 ,'Up','Down'),'NoSignifi'))
head(diff_AML)

采用ggplot2绘图

###########绘图
library(ggplot2)
ggplot(data=diff_AML, aes(x = logFC, y = -log10(FDR), colour=threshold)) + #x轴为logFC y轴为-log10(FDR)上调、下调、非显著的基因颜色区分
  geom_point(alpha=0.4, size=3.5) +  #定义点的大小
  scale_color_manual(values=c('blue','grey','red'))

可以加上ggplot包的美学处理

###########调整
ggplot(data =diff_AML, aes(x = logFC, y = -log10(FDR),colour=threshold)) + #x轴为logFC y轴为-log10(FDR) 上调、下调、非显著的基因颜色区分
  geom_point(alpha=0.4,size=3.5) +  #定义点的大小
  scale_color_manual(values=c('blue','grey','red'))+  #定义点的颜色

在这里可以根据需要自定义logFC也就是横坐标的范围，让图更好看

###########调整
ggplot(data =diff_AML, aes(x = logFC, y =-log10(FDR), colour=threshold)) + #x轴为logFC y轴为-log10(FDR)上调、下调、非显著的基因颜色区分
 geom_point(alpha=0.4, size=3.5) + #定义点的大小
 scale_color_manual(values=c('blue','grey','red'))+  #定义点的颜色
 xlim(c(-15, 15)) + #定义logFC显示的范围
 theme_bw( )+theme(panel.background=element_rect(fill='transparent',color='black'))#定义边框、主题形式