一篇医学微生物组16S测序文章必备的五个内容

研究1：ASD儿童与母亲肠道菌群的关系与标志物鉴定

发表期刊：Genomics Proteomics Bioinformatics

发表时间：2019

影响因子：6.597

研究内容：ASD儿童与母亲肠道菌群的关系与标志物鉴定

样本数量与类型：59对：母亲-ASD儿童；30对：母亲–健康儿童；样本类型：粪便本

实验方法：16S rRNA基因测序

微生物组研究内容：自闭症儿童与母亲/健康儿童与母亲的肠道菌群鉴定→肠道菌群α多样性和β多样性分析→显著差异菌群分析→菌群标志物预测能力评估→菌群基因功能预测

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研究2：中国NSCLC患者对免疫检查点抑制剂治疗效果与肠道菌群的关系

发表期刊：Journal of Thoracic Oncology

影响因子：12.46

发表时间：2019

研究内容：中国NSCLC患者对免疫检查点抑制剂治疗的响应与肠道菌群之间的关系样本数量：37名接受纳武单抗（Nivolumab）治疗的晚期NSCLC患者的粪便样本（基线，每次接受治疗前和疾病进展时）；在基线采集外周血样本。

实验方法：16S rRNA基因测序+FACS检测外周血免疫细胞

微生物组研究内容：纳武单抗治疗前后患者的肠道菌群鉴定→不同治疗期的肠道菌群α多样性和β多样性分析

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研究3：甲状腺癌患者的肠道菌群与代谢谱变化

发表期刊：International Journal of Cancer

影响因子：4.982

发表时间：2019

研究内容：肠道菌群、代谢谱与甲状腺癌之间的关系

样本数量与类型：16S测序：30 Thyroid Carcinoma(TC) vs 35 Healthy Controls(HCs) ; 代谢组：15 TC vs 15 HCs；样本类型：粪便样本；

实验方法：16S rRNA基因测序+非靶向LC-MS代谢组检测

微生物组研究内容：甲状腺癌患者和健康受试者的肠道菌群鉴定→两组肠道菌群α多样性和β多样性分析→两组间显著差异菌群分析→差异菌群与临床指标相关性分析→菌群标志物预测能力评估→肠道菌群功能预测

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研究4：鉴定结直肠癌患者的特征性肠道菌群和代谢物

发表期刊：Theranostics

影响因子：8.063

发表时间：2019

研究内容：鉴别健康志愿者和CRC患者的特征性微生物群以及具有疾病表型的相关代谢物

样本数量：50 CRC vs 50 healthy volunteers；粪便样本

实验方法：16s rDNA测序+非靶向代谢组

微生物组研究内容：结肠癌患者和健康受试者的肠道菌群鉴定→两组肠道菌群α多样性和β多样性分析→两组间显著差异菌群分析

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我们来抓取上述文章中共有的内容（2篇以上都有的内容）：

1.肠道菌群鉴定→2.肠道菌群α多样性和β多样性分析→3.显著差异菌群分析→4.菌群标志物预测能力评估→5.菌群基因功能预测

需要提示的是，不是每个项目筛选出来的差异菌群都可作为biomarker（具备较好的疾病诊断性能）。也即在有些文章中，并没有拿出章节来说明菌群作为biomarker预测能力的数据。