TADbit是一个hi-c数据分析的软件,提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能,对应的文章链接如下
该软件的pipeline如下图所示 总体分成以下3个功能模块
第一个模块从原始的fastq文件开始,对序列进行质量过滤,采用 第二个模块用于可视化hi-c交互矩阵,并且可以在交互矩阵的基础上,识别 第三个模块用于构建染色质三维构象的模型,并进行结构分析。 本文简单整理下第二个模块的具体用法,详细步骤如下 1. 可视化hi-c矩阵该软件采用
对应 可视化的效果图如下 2. 预测TAD结构域并可视化有两种可视化的策略,第一种是在hi-c的热图上用矩形标记TAD区域,第二种称之为density plot, 用法如下 热图标记TAD之后的效果图如下 density plot的效果图如下 3. TAD Alignment将多个细胞或组织的 效果图如下所示 TADbit的用法简单,可视化效果也很棒,唯一的缺点就是安装特别费劲。 ·end· |
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