在circos 中,通过ticks block来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的,需要有一个最小单位。 通过chromosomes_units 定义最小单位,用法如下 chromosomes_units = 1000000
之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线,有两个全局参数控制其显示方式 - show_ticks
show_ticks = yes 表示显示刻度线 - show_tick_labels
show_tick_labels = yes 表示显示刻度线上的标签
对于刻度线而言,可以由多个不同标准的刻度组成,和厘米,毫米的概念差不多,可以每5M标记一个刻度线,也可以每10M标记一个刻度线。对于每一种规格的刻度线,通过tick 这个block 定义。看下面这个例子 首先是两个全局参数,表明显示刻度线。接下来就是ticks 模块。上图中的ticks 由两个tick 构成。 关于刻度线的相关参数,可以分成一下两大类别 刻度线的显示- radius
radius 表示刻度线显示的位置,用法radius = 0.8r ; - spacing
spacing 指定刻度线之间的间隔,比如 spacing = 5u , 表示每5个单位标记一个刻度线 - color
刻度线的颜色, 用法color = grey - thickness
刻度线的粗细, 用法thickness = 2p - size
刻度线的长度,用法size = 5p
刻度线的标签的显示- show_label
show_label = yes 表示显示标签 - lable_size
控制label文字的大小, 用法 label_size = 5p - label_offset
控制label的偏移量,设置label和刻度线之间的间隔,用法label_offset = 10p - skip_first_label
不显示第一个label - skip_last_label
不显示最后一个label - multiplier
multiplier 定义了label和实际刻度之间的比例,公式为tick_label = tick_value * multiplier , 实际标记的label需要在原来的基础上乘以multiplier 。multiplier = 1 / 1u , 表示1:1的比例,实际5u的地方就标记5;
multiplier = 10 / 1u , 表示10:1的比例,实际5u的地方就标记50。 - mod
mod 用于格式化标签的显示方式,使标签更加的美观。mod 代表取余数的意义 在spacing = 0.1u 的情况下,在10M-11M 之间会有10.1, 10.2 这样的刻度,当添加了mod = 1u 时,10.1 除以1,余数为0.1, 所以10.1 对应的 label 变成了0.1; - suffix
给label添加后缀,比如 suffix = Mb ,这样每个label 最后都会再加上Mb - prefix
给label 添加前置,比如prefix = + , 这样每个label 前面都会在加上+ - format
格式化label的显示,用法和perl 语言中的 是sprintf 函数的用法相同
|