最近长链非编码RNA(lncRNA)很火热,好不容易找到了一个心仪的lncRNA(关于怎么找,我们之前也聊过:自己做测序、芯片;从别人的数据里挖据;或移植研究从其他疾病里扯一个过来验证),那么问题来了:分子有了,机制部分我该往哪个方向扯呢?很多人可能都会仔细寻找下游靶分子,以证明该lncRNA参与了xx调控,具有某个功能,表明该lncRNA分子在疾病发生发展过程中起到了很重要的作用。其实,我们还可以往上游做,以丰富机制研究的深度。今天我们就聊一聊,预测一下参与调控lncRNA表达转录因子的方法。
今天我们通过2个方式进行预测: 方法1、需要用到UCSC、PROMO数据库 首先,我们需要找到lncRNA的启动子序列。 打开UCSC数据库:
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_1_20191230054034722.jpg) 举例:HOTAIR 输入:HOTAIR 点击GO
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_2_20191230054034816.png) 点击红色的那个序列
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_3_20191230054034987.png) 得到这么一个图,点击红色框,
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_4_20191230054035331.png) 继续点击,
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_5_20191230054035472.png) 得到这个界面,我们需要修改一些参数:转录起始位点上游2000nt和下游100nt区域为我们所选的启动子区。 Submit
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_6_20191230054035597.png) OK,启动子序列有了。拷贝下来。
接下来,我们打开PROMO数据库: http://alggen.lsi./cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_7_20191230054035769.png) 在SelectSpecies进行部分设置,
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_8_20191230054035941.png) Submit 另外,如果对转录因子有选择的话,也可以在SelectFactors中进行设置。
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_9_2019123005403619.png) 最后,我们点击SearchSites
![](http://image109.360doc.com/DownloadImg/2019/12/3017/179205634_10_20191230054036175.png) 将刚刚得到的启动子序列粘贴进行。另外,默认容错率15%,如果得到的转录因子过多,我们可以进行调整,设置成5%或0%。 Submit
http://alggen.lsi./cgi-bin/promo_v3/promo/promo.cgi?dirDB=TF_8.3&idCon=148645228400&getFile=resumSearchRes.html 我最终设置了容错率为15,一共得到了80个预测的转录因子。 那么这些转录因子都有可能与HOTAIR的表达相关,可能存在正向或负向的调控关系。<可结合另两篇博文找相关系数:1.Oncomine: 一个肿瘤相关基因研究的数据库;2.CRN:肿瘤表型转录组数据库 >
方法2、直接通过GeneCards数据库查找相关基因的转录因子
![](http://pubimage.360doc.com/wz/default.gif)
http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1032139.html
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