根据问题里的叙述推测,该公司所开展的“合并”应该是吸收合并,也就是题目中的子公司(我们叫它B公司)将在合并后注销,它的一切资产与负债都将由合并后的母公司(我们叫它A公司)继承。
在这种情况下,根据财税2009年59号文第六条,企业股东在“该企业合并发生时取得的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%”,以及“同一控制下且不需要支付对价的企业合并”这两种情况下,如果同时满足财税2009年59号文第五条所规定的条件,可以选择特殊性税务处理。根据案例中的控股关系看,本次交易的情形很可能属于后一种情况,即同一控制且不需支付对价的合并。
但是,本案例中的被合并企业股东是自然人,而自然人在重组中不适用企业所得税法的特殊性税务处理,因此,本例中的大股东不能适用特殊性税务处理,需要就其在此次合并中所转让的B公司股份缴纳个人所得税。
不过,个税上依然有可适用的优惠。根据财税2015年41号文,个人以非货币性资产投资,属于个人转让非货币性资产和投资同时发生。对个人转让非货币性资产的所得,应按照“财产转让所得”项目,依法计算缴纳个人所得税。纳税人一次性缴税有困难的,可合理确定分期缴纳计划并报主管税务机关备案后,自发生上述应税行为之日起不超过5个公历年度内(含)分期缴纳个人所得税。
本案例中,对于A、B两公司来说是企业合并,但对于B公司的大股东来说,则是以B公司37%的股份投资于A公司,因此,需要确认转让B公司股份的所得。不过,如果大股东一次性缴税有困难,可以适用该文件的递延纳税政策,在5个年度内分期缴税。
对于第二个问题,一般来说,资产评估报告的确是证明股权公允价值的可靠证据。不过,如果税务机关认为股权的价值不公允,也是可以通过合理手段核定的。因此,问题的关键还是在于,你拿出的证明股权价值公允的证据是否真正站得住脚,也就是没有让税务机关认为明显不合理的因素。