本文的主要内容是介绍MB (Microbiology Specimen,微生物学标本 )及MS(Microbiology Susceptibility,微生物学耐受性)的SDTM标准数据呈现方式 。 MB做为Finding Domain,存储微生物信息,包括gram stain results(革兰氏染色结果),organisms(微生物)的发现及其生长情况。
MS用来存储微生物学发现并在MB中记录的结果,通常包含耐受性检测结果,同时也可以是其他微生物相关的发现,例如微生物的生长范围,其目的是用来关联MB中以上结果。 例1:MB,微生物标本发现 行1,2:展示标本1的革兰氏染色结果(MBREFID=SP01)。 行3,4:展示标本1在访视1的微生物发现结果。MBGRPID与MSGRPID用来链接这些微生物以及这些微生物记录在MS用的检测结果。 行5:展示分配为ORG02 的微生物在访视2的样本2中仍然存在。 行6:展示在访视3没有微生物生长,所以微生物记录为“NO GROWTH(没有生长)。 行1-6:展示MBMETHOD用于报告检测样本的方法,例如:GRAM STAIN(革兰氏染色)或MICROBIAL CULTURE(微生物培养),SOLID(固体)。 如果报告了痰的收集方式(如咳痰或活检),这个信息需存储在SUPPMB中,因为MBMETHOD是用来记录获得微生物耐受性结果的方法,例如这里是“咳痰”。 例2:MS结合例1中的MB,同一个受试者关联的微生物发现,MBGRPID=MSGRPID。 行1:展示标本1在访视1中发现的微生物1生长范围(MBGRPID=1,上面MB示例中的行3)。 行2,3:展示标本1在访视1中微生物1的耐受性检测结果(MBGRPID=1,上面MB示例中的行3)。 行4:展示标本1在访视1中发现的微生物2生长范围(MBGRPID=2,上面MB示例中的行4)。 行5,6:展示标本1在访视1中微生物2的耐受性检测结果(MBGRPID=2,上面MB示例中的行4)。 行7:展示标本2在访视1中微生物2的耐受性检测结果(MBGRPID=3,上面MB示例中的行5)。 生成ADaM数据集时,可依据MBSPID和MSGRPID一对多连接,。 例3:MB对应多条labs数据 行1,2:展示同一个微生物同时被中心实验室和本地实验室(MBNAM)鉴定。注意每个实验室的MBSPID和MBGRPID是不同的。这是因为即使是从一个标本,每个实验室是分开检测和记录微生物的。 例4:多个实验室检测的微生物发现MS 行1,2:展示例3中第一行MBGRPID=1的微生物中心实验室耐受性实验鉴定结果。注意中心实验室对研究药,青霉素/阿莫西林只用一种耐受性实验方法(E-TEST)执行。 行3-8:展示例3中第二行MBGRPID=2的微生物本地实验室耐受性实验鉴定结果。注意本地实验室对研究药,青霉素/阿莫西林用了三种耐受性实验方法(稀释液,区域尺寸,E-TEST)执行,因此对MSGRPID=2有6条记录。 例5:MB和MS的相对关系RELREC 行1,2: 展示MB和MS之间一对多的关系。MB中记录微生物标本中微生物的发现,MS中记录这些微生物的多重发现。MB中的微生物的发现可以链接到MS中,因为MBGRPID=MSGRPID的值是赋给同一个人的微生物。 像这种RELREC比较清晰明了(同理如TU与TR),可以在Domain之间用Link ID或Group ID一对一或一对多,且ID值相同,可以使用上面这种比较简洁的方式表示,而不用再在RELREC中重复 |
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