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小锐要先叨叨几句 为谁而写？ 答案如下：  当然，也是为了每一位信任锐翌的“你”~ 想在锐翌基因公众号看到什么干货呢？ 留言告诉我们吧~下一个被“翻牌”的就是你！ 正文开始 circos简介 Circos可以轻易地根据纯文本的配置文件，将用户的输入数据转化为像素图片(PNG)或矢量图片(SVG)。它使用Perl语言编写，采用GPL许可，可以运行于任何有Perl语言解释器的操作系统(如 Windows, Mac OS X, Linux 及其他类UNIX系统)，关键它还免费！ 1 预备工作—安装perl 由于circos是基于perl编写的，因此装circos之前需要确保perl的正确安装（已装perl则忽略此步骤）。 ① 进入perl软件下载页面http://www.，选择download菜单。  ② 进入download菜单页面，会有三种操作系统的下载文件，我们选择windows，推荐下载strawberry perl这个版本。  ③ 点击链接，会跳转到另一个下载页面，这时根据自己的电脑是32位还是64位选择下载正确版本。  ④ 运行.msi文件，然后按win+R输入cmd，打开控制台，输入测试命令：perl -v，如果能正确输出版本信息，说明安装成功。  2 安装Circos (1) 安装好了circos运行环境，下一步就要安装circos了。访问http:///，选择software菜单。  (2) 选择子菜单，download菜单。  (3) 进入download有比较多版本可以选择，而且也有一些辅助软件，可以只选择最新版本下载。这个是压缩文件，解压即可使用不需要安装。  3 下载必要模块 解压完成后，在cmd中进入circos的安装目录，输入perl.\bin\circos-conf.\example\etc\circos.conf。要能正常运行Circos，还依赖一些必要的模块，这里列出的是基本模块，如果运行例程时提示miss the Perl module ***，就需要自己手动下载缺失的模块。如下图错误就是缺失了必要的模块Font::TTF::Font等，需要下载。  <1> 访问http://www./，在search里面输入你缺失的模块名称，然后search。  <2> 选择第一个结果。  <3> 下载这个模块。这是一个待解压的文件，解压后我们找到这里面的所有的.pm文件，一般来说都在根目录和lib中，但是也有例外。 <4> 把模块的.pm文件放到Circos的lib文件夹中。需要注意的是，类似上面的Font::TTF::Font要现在lib文件夹中先创建一个文件夹Font，然后再把Font的.pm文件拷到Font文件夹中。重复<1> — <4>步操作，把其他基本模块下载下来，然后拷贝到lib文件夹下，如下图目录所示。 4 使用circos [1] 自带例程使用 Circos这个压缩文件里面自带了一个例程工程，我们可以用这个例程来测试是否能够正常出图。打开控制台cmd，跳转到我们的Circos根目录，如这里就是circos-0.69-6这个根目录。根据自己解压位置，用cd命令来跳转到根目录即可。 [2] 执行perl命令 perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf。这句命令可以这么理解，perl是命令头，这个很好理解，就是使用perl进行编译执行；这个命令现在后面有三个参数，第一个是指使用bin文件夹下的circos来运行这条命令；第二个参数是一个描述，指编译执行conf文件；最后一个参数就是具体的.conf文件的具体位置。我们打开etc这个文件夹，可以看到还有很多其他的.conf文件，这些文件其实都是circos.conf的依赖项，我们可以打开circos.conf看到有很多<<include ***.conf>>的语句，这可以理解为依赖这个.conf文件。执行成功，我们可以从控制台看到花费时间，同时在根目录会生成一幅circos.png图片。 5 使用官网上其他例程 Ⅰ 访问http:///documentation/tutorials/quick_start/，可以看到有9个工程例程，从1到9是逐步地向图形当中添加各种元素的过程。 Ⅱ 这里以第9个为例，点击第9个链接。可以看到有三个菜单，Lesson、image和configuration。第一个是简单说明；第二个是运行结果产生的图片；第三个是配置文件，也是最核心的代码部分。 Ⅲ 既然已经给出了配置文件，那我们就可以在指定目录下创建相应的配置文件，然后采用perl .\bin\circos -conf .\example\etc\circos.conf -outputdir output -outputfile example9.png，outputdir参数是设置输出文件存放的文件夹，outputfile是设置输出文件的名称，防止之前生成的文件被覆盖。创建的配置文件如下所示。 Ⅳ 在cmd窗口中执行上诉命令。会出现如下错误。 Ⅴ 这次就先到这里，下次带大家寻找问题的根源。最终解决后的文件和图形如下。 想要get更多生信技能 想要系统学习微生物组分析方法 你需要锐翌基因微生物组信息分析精品培训班 金秋九月 西子湖畔 我们不见不散 供稿：马圣 编辑：王丽燕 |
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